Публикации по теме 'vegan'


Круг вирусной жизни
О генетическом сходстве при межвидовой передаче Этот пост - сокращенная версия моего профессионального поста. Во время моего путешествия в мир генетических исследований я обнаружил, что вирусы увлекательны, даже в каком-то смысле обнадеживают. Это связано с тем, что их внутренняя структура изощренно приспособлена к генерации новых мутаций по мере их распространения на живые существа ( хозяева) множеством различных путей: воздушно-капельным путем, через воду, миграцию птиц, фекалии..

Вопросы по теме 'vegan'

Выделение этикеток курсивом с помощью функции ordipointlabel в веганской упаковке
Я пытаюсь понять, как создавать выделенные курсивом метки с помощью функции ordipointlabel() из веганского пакета в R. Мои точки представляют виды, поэтому я бы хотел, чтобы научные названия были выделены курсивом. Любая помощь будет оценена....
327 просмотров
r vegan
schedule 25.01.2023
ошибка cca веганского пакета: сумма строк (X) должна быть ›0: отсутствует значение, где требуется ИСТИНА / ЛОЖЬ
Я пытаюсь провести анализ канонических соответствий для данных о составе рациона (prey.counts) по отношению к набору переменных окружающей среды (envvar). Сумма для каждой строки и каждого столбца больше 0, но я продолжаю получать это сообщение об...
2963 просмотров
r vegan
schedule 05.02.2022
Параметры форматирования рисунка PCA в R - изменение отдельных точек на групповые средние/SE
Я попробовал этот вопрос в stats.stackexchange, и кто-то предложил мне попробовать его здесь, так что вот: Я завершил PCA-анализ в R с пакетом VEGAN некоторых экологических данных о здоровье деревьев. Всего насчитывается 80 деревьев (то есть 80...
2751 просмотров
r visualization pca vegan
schedule 03.09.2023
АНОСИМ в вегане не работает
Я пытаюсь выполнить анализ anosim в Vegan , но он не работает... Он не выдает ошибку после функции anosim, но когда Я пытаюсь увидеть резюме, в котором говорится: Ошибка в sort.int(x, na.last = na.last, уменьшение = уменьшение, ...): 'x'...
964 просмотров
r vegan
schedule 15.07.2022
Использование веганского пакета: сходство Pielou не может регистрировать вывод
Я создаю фрейм данных разного уровня сложности в vegan . У меня возникли проблемы с Pielou, так как мне нужно зарегистрировать ранее созданные данные "pumice.richness" для достижения этого результата и получить ошибку ниже: analysis <-...
139 просмотров
r vegan
schedule 10.06.2023
Добавьте 3D-форму к существующему объекту rgl: alphashape3d
Я провел этот анализ ординации набора данных о видах, используя metaMDS() из пакета 'vegan'. Я использую более одного измерения, поэтому я подумал, что было бы неплохо отобразить три из этих измерений на трехмерном графике. В «веганском» пакете...
480 просмотров
r 3d rgl vegan
schedule 10.06.2024
преобразование data.frame в r
У меня есть df с кучей столбцов. Каждая строка представляет вид, наблюдаемый во время каждой поездки для отбора проб. Я хочу преобразовать это в матрицу или фрейм данных, где каждый столбец представляет собой вид, а каждая строка представляет собой...
73 просмотров
r dataframe vegan
schedule 09.09.2023
адонис в веганском: порядок переменных или использование страт
Я использую функцию горицвета в вегане, чтобы определить, 1) различаются ли сосуществующие виды-хозяева по своему микробному сообществу на нескольких участках, и 2) различаются ли участки. Я изучил все сообщения о CV и SO, и нет четкого ответа на...
1843 просмотров
r vegan
schedule 18.01.2023
степени свободы при векторной аппроксимации с использованием envfit (веганский)
Я использовал envfit () в веганском пакете, чтобы определить градиенты окружающей среды, управляющие двумя осями NMDS. У меня было 2 категориальных фактора среды (факторов) и 4 непрерывных переменных (вектора). Мой вопрос: дает ли аппроксимация...
231 просмотров
r vegan
schedule 06.12.2021
Контрольный цвет на графике r
Вывод nestednodf, функции package vegan, можно легко построить на графике. Я хотел бы выделить выбранные строки другим цветом, но я не знаю, как указать это на одном графике. Скажем, мне нужны строки 1,3 и 5 синего цвета, а строки 2 и 4 красным...
108 просмотров
r plot vegan
schedule 26.05.2022
rollapply + specnumber = богатство видов в интервалах выборки, которые различаются по длине?
У меня есть матрица сообщества (образцы x виды животных). Я брал пробы у животных еженедельно в течение многих лет (в данном примере — трех лет). Я хочу выяснить, как время отбора проб (неделя начала и продолжительность, также известная как...
65 просмотров
intervals vegan zoo
schedule 30.09.2022
ошибка при установке вегана в r
Когда я пытался установить веган с помощью install.packages("vegan") и с помощью RStudio, я получаю следующее сообщение об ошибке. * installing *source* package ‘vegan’ ... ** package ‘vegan’ successfully unpacked and MD5 sums checked ** libs...
1556 просмотров
r vegan
schedule 06.07.2023
Несоответствие меток гистограммы с накоплением R
У меня есть данные молекулярного секвенирования об относительной численности (в %) различных типов в 9 различных образцах, и я пытаюсь изобразить их в виде гистограммы с цветовой кодировкой (где каждому типу соответствует свой цвет). Достаточно...
212 просмотров
r legend stackedbarseries vegan
schedule 27.08.2022
Настройка веганского графика pca с помощью ggplot2
Я пытаюсь создать собственный график некоторых веганских результатов rda в ggplot2. Я по сути изменяю направления, как показано в Нанесение RDA (веганский) в ggplot , поэтому что я использую метки формы и цвета, чтобы передать некоторую информацию...
5071 просмотров
r ggplot2 pca vegan
schedule 31.12.2022
R ggplot2 соединяет точки НЕ по оси x, а по коэффициенту
У меня есть data.frame, извлеченный из веганского метаMDS, который выглядит так: MDS1 MDS2 time nucleic_acid habitat treatment 10dnawatercontrol 0.06297458 0.153364604 10 dna water control 10dnawatertreated...
484 просмотров
r ggplot2 vegan
schedule 07.04.2022
ссылаясь на имя столбца функции, которое может измениться в ggplot
У меня есть простая функция ggplot, которая рисует стрелки двойного графика от ординации кепка. Я понимаю, что есть встроенные веганские пакеты, и даже ggvegan делает это за меня. На самом деле это становится частью более сложной другой функции, и...
286 просмотров
r ggplot2 vegan
schedule 24.06.2022
Метод R S3 не экспортируется из пространства имен
Почему у меня появляется это сообщение об ошибке: > vegan::reorder.hclust Error: 'reorder.hclust' is not an exported object from 'namespace:vegan' Пока этот метод S3 вполне доступен. Например, если я наберу help(reorder.hclust, package =...
885 просмотров
r package namespaces vegan
schedule 17.07.2023
Объедините дендрограмму с двудольными графами в R (tanglegram)
В настоящее время я работаю над созданием танглограммы, в которой выращиваемые виды находятся на одной стороне, а субстрат, на котором выращивается, — на другой стороне. Однако мне нужно, чтобы на выходе также была танглограмма, в которой каждая...
478 просмотров
r vegan dendrogram bipartite phylogeny
schedule 25.07.2022
R cca и expect.cca в веганском стиле
У меня есть количество (данные) таблицы видов, которое состоит из дискретных количеств видов (столбцов) на образец (строку). Образцы разделены на 2 категории: контроль и напряжение, которые представлены в файле проекта в одной колонке: Состояние....
215 просмотров
r prediction vegan
schedule 21.04.2022
Как раскрасить линии в веганской редкости по факторам?
Я пытаюсь построить кривую разрежения для каждого из 20 моих образцов - и раскрасить линии соответствующим типом обработки (5), используя rarecurve в vegan R. Я сгруппировал столбцы вместе, которые являются копиями тех же типов обработки, что и...
468 просмотров
r vegan
schedule 01.03.2022