Я хотел бы создать задание массива, в котором задачи не выполняются одновременно. Задачи будут включены какой-то будущей командой. Причина, по которой мне нужна эта функция, заключается в том, что я хочу агрегировать то, что в противном случае было...

У меня есть скрипт qsub как #####----submit_job.sh---##### #!/bin/sh #$ -N job1 #$ -t 1-100 #$ -cwd SEEDFILE=/home/user1/data1 SEED=$(sed -n -e "$SGE_TASK_ID p" $SEEDFILE) /home/user1/run.sh $SEED Проблема в том,...

Я пытаюсь отправить (серию) заданий в SGE (FWIW, это последовательность симуляций молекулярной динамики Gromacs), в которых все задания идентичны, за исключением суффикса, такого как input01 , input02 и т. д. Я написал команды для запуска таким...

Это может быть проблема конкретного кластера, которую может решить только администратор, но когда у меня есть задание с низким приоритетом, а появляется задание с высоким приоритетом, процесс уничтожается. Когда задание с высоким приоритетом...

Я конвертирую некоторые скрипты Python, написанные в среде Windows, для работы в Unix (Red Hat 5.4), и у меня возникают проблемы с преобразованием строк, связанных с путями к файлам. В Windows я обычно читаю все файлы .txt в каталоге, используя...

Можно ли получить количество задач для отправленного задания массива? Как $SGE_TASK_ID для номера задачи. Например, если я отправлю задание qsub -t 1-4 my_script.sh Я хотел бы получить 4 .

Я выполняю 500 заданий в кластере Sun Engine, и у меня возникли некоторые проблемы (администратор кластера приостановил мои задания, потому что я перегрузил ЦП). Код написан на Java. Когда я запускаю одно из заданий на своем ПК (Ubuntu 14.04) и...

Когда я пытаюсь отправить задание с помощью оболочки python drmaa, я получаю исключение DeniedByDrmException: код 17: задание отклонено: положительный приоритет отправки требует привилегий оператора. Как изменить приоритет заданий, которые я...

Я хочу отправить многопоточное задание MPI в SGE, а кластер, в котором я работаю, имеет разные узлы, каждый из которых имеет разное количество ядер. Допустим, количество потоков на процесс равно M (M == OMP_NUM_THREADS для OpenMP). Как я могу...

В настоящее время я настраиваю gridengine на Ubuntu 16.04 с помощью sun gridengine. Большинство функций, которые я хочу использовать, работают. Тем не менее, я борюсь со следующей проблемой: У меня 32-ядерная машина (64 потока) Я выполняю...

Я новичок в программировании на кластере, и мне очень трудно ориентироваться. Я на SGE с кластером bash и использую OpenMPI. У меня есть задача, в которой я хочу запустить несколько вариантов моего процесса, где единственная разница заключается в...

Я хочу отправить задание sge через файл sge. Например, у меня есть файл run.sge следующим образом: ## SGE options #$ -cwd #$ -l mem_free=2G ##$ -q [email protected] #$ -pe mpich 4 #$ -S /bin/bash...

Связано: Правило SnakeMake со скриптом Python, conda и кластером Я пытался настроить свои конвейеры SnakeMake для работы на кластерах SGE (qsub). Нет проблем с использованием простых команд или инструментов, которые устанавливаются...

Сын Grid Engine — версия SGE 8.1.9, CentOS 7. Мы хотим реализовать очереди с приоритетами планирования заданий, чтобы задание в очередь с высоким приоритетом всегда планировалось раньше любой другой очереди с низким приоритетом. Объяснение: 3...

Я использую кластер под управлением SGE 8.1.9. Некоторые узлы на сервере сломаны, а некоторые работают. У меня есть список имен хостов узлов, которые работают нормально, поэтому я хочу отправить задание на массив только этим узлам. Я успешно...