Вопросы по теме 'snakemake'
Snakemake: зависимости, которые не вводятся
Я хотел бы знать, есть ли в Snakemake способ определить зависимость, которая на самом деле не является входным файлом. Я имею в виду, что есть программы, которые ожидают, что некоторые файлы будут существовать, а их нет в командной строке....
1045 просмотров
schedule
05.12.2022
использовать несколько параметров в snakemake
Я только начинаю работать со snakemake и задавался вопросом, каков «правильный» способ запустить набор параметров в одном файле и как это будет работать для объединения правил?
Так, например, когда я хочу иметь несколько методов нормализации, за...
4067 просмотров
schedule
12.06.2023
Snakemake: ведение журнала команд Wrapper
Я не могу понять, как я могу регистрировать команды, выполняемые оболочкой. И «snakemake -p», и «snakemake -D» не показывают мне фактические запущенные команды.
Как лучше всего вести журнал команд, созданных с помощью оболочки?
Ура, Себ
176 просмотров
schedule
14.04.2022
snakemake: подстановочные знаки меняются в функции ввода
У меня проблема со следующим правилом, похоже, что wild card меняется на полпути.
> maker_flow={'boot1':'init', 'boot2':'boot1', 'final':'boot2'} #this defines the bootstraping workflow {now:last}
> rule maker:
> input: snap=...
437 просмотров
schedule
24.04.2023
Невозможно импортировать модуль Python с использованием среды conda в правиле Snakemake
Я создал среду Conda с python 3.5, чтобы запускать рабочие процессы Snakemake. Я использую отдельные среды Conda в правилах Snakemake. Я хотел бы запустить один из них, используя библиотеки python2, но здесь я не могу импортировать конкретный...
902 просмотров
schedule
28.05.2024
Сделайте Snakemake предложения по дизайну рабочего процесса, чтобы преодолеть неоднозначные правила
У меня есть два правила, которые могут выдавать один и тот же результат в зависимости от значения подстановочного знака, и это вызывает неоднозначное исключение правила. Я прочитал документацию по...
303 просмотров
schedule
11.12.2022
Snakemake: извлеките информацию о конкретном образце из таблицы конфигурации
В моем рабочем процессе у меня есть лист образцов, который содержит все образцы, которые предполагается проанализировать, + путь, по которому можно найти входные файлы + эталонный геном, который предполагается использовать. Все это зависит от...
225 просмотров
schedule
08.10.2022
Как можно получить доступ к переменным конфигурации Snakemake внутри раздела `shell`?
В snakemake я хотел бы получить доступ к ключам из config из директивы shell: . Я могу использовать {input.foo} , {output.bar} и {params.baz} , но {config.quux} не поддерживается. Есть ли способ добиться этого?
rule do_something:...
1530 просмотров
schedule
23.04.2022
Snakemake: Я все время получаю Команда conda недоступна в $ PATH. при работе в кластере SGE
Я рву здесь волосы, надеюсь, кто-нибудь мне поможет.
Запуск snakemake 4.8.0
У меня есть конвейер snakemake, который я запускаю с двумя conda env и --use-conda, и он отлично работает при запуске как автономный конвейер.
Однако когда я запускаю...
1714 просмотров
schedule
18.03.2022
Snakemake: как поддерживать значение экземпляра, похожее на змею, в нескольких экземплярах одного и того же вызова.
Я хочу сохранить некоторую информацию в коде python, который является частью моего файла змейки, и сделать эту информацию доступной для кода python в каждом экземпляре, создаваемом змейкой во время выполнения рабочего процесса. Но отдельный запуск...
109 просмотров
schedule
01.07.2023
Использование среды Conda в SnakeMake на проблеме кластера SGE
Связано: Правило SnakeMake со скриптом Python, conda и кластером
Я пытался настроить свои конвейеры SnakeMake для работы на кластерах SGE (qsub). Нет проблем с использованием простых команд или инструментов, которые устанавливаются...
805 просмотров
schedule
04.05.2024
правило snakemake для удаления файла
У меня есть большой файл змейки, который выглядит так (после значительного упрощения).
rule a:
input: '{path}.csv'
output: '{path}.a.csv'
shell: 'cp {input} {output}'
rule b:
input: '{path}.csv'
output: '{path}.b.csv'...
555 просмотров
schedule
14.04.2023
Snakefile ValueError: для распаковки требуется более 1 значения
Я запускаю змеиный файл в кластере, используя эту конфигурацию по умолчанию:
"__default__":
"account" : "myAccount"
"queue" : "myQueue"
"nCPUs" : "16"
"memory" : 20000
"resources" : "\"select[mem>20000]...
60 просмотров
schedule
17.06.2022
Использовать URL-адрес Github для оболочки в правиле Snakemake
Я знаю три рабочих способа определить правило на основе оболочки в Snakefile:
rule way1_wrapper_repository:
wrapper:
"0.0.8/bio/samtools_sort"
rule way2_local_relative_directory:
wrapper:
"local_wrappers/dir/samtools_sort"...
179 просмотров
schedule
13.07.2023
Snakemake обрабатывает большой рабочий процесс медленно из-за длительной последовательной проверки выполнения задания? ›100-кратное снижение скорости
Я работаю над довольно сложным процессом создания змейки, который порождает несколько сотен тысяч заданий. Все работает ... Рабочий процесс выполняется, DAG создается (благодаря новой реализации контрольной точки), но невыносимо медленно. Я думаю,...
709 просмотров
schedule
09.04.2022
Как передать значение переменной в качестве ввода в snakemake?
Я хочу загрузить файлы fastq из базы данных SRA с использованием идентификатора SRR с помощью Snakemake. Я прочитал файл, чтобы получить идентификатор SRR, используя код Python.
Я хочу анализировать переменную одну за другой в качестве входных...
1015 просмотров
schedule
22.01.2024
Snakemake - исключение функции ввода
Я пытаюсь запустить код snakemake, используя в качестве входных данных файл .json. При проверке пробного прогона я получил следующую ошибку
InputFunctionException in line 172 of /home/Snakefile_ChIPseq_pe:
KeyError: '130241_1'
Wildcards:...
413 просмотров
schedule
25.02.2022
Snakemake заставляет контрольную точку и агрегатную функцию работать
У меня проблема с работой моей совокупной команды snakemake. Я надеюсь взять данный файл GTF, найти отдельные регионы внутри GTF и, если они найдутся, записать эти регионы в отдельный файл. Таким образом, я не уверен, сколько выходных файлов GTF...
1047 просмотров
schedule
20.01.2023
Выполнение промежуточных команд контрольной точки
В настоящее время я столкнулся с некоторыми проблемами, связанными с запуском snakemake промежуточных правил, необходимых для контрольной точки. После попытки устранить эту проблему я считаю, что проблема заключается в команде расширения в функции...
179 просмотров
schedule
09.12.2021
snakemake PICARD объединить файлы BAM
Я новичок в использовании snakemake, у меня проблема при использовании PICARD MergeSamFiles для объединения файлов BAM в один файл BAM. Я хотел бы объединить 1_sorted.bam 2_sorted.bam ... 10_sorted.bam в один файл bam с именем каталога.
import...
302 просмотров
schedule
02.09.2022
