Вопросы по теме 'qsub'
параметр для сценариев оболочки, которые запускаются с помощью qsub
как я могу параметризовать сценарий оболочки, который выполняется в сетке (начинается с qsub)? У меня есть сценарий оболочки, в котором я использую getopts для чтения параметров.
Когда я запускаю (qsub script.sh -r firstparam -s secondparam ..)...
32988 просмотров
schedule
29.04.2022
как указать файл журнала ошибок и выходной файл в qsub
У меня есть скрипт qsub как
#####----submit_job.sh---#####
#!/bin/sh
#$ -N job1
#$ -t 1-100
#$ -cwd
SEEDFILE=/home/user1/data1
SEED=$(sed -n -e "$SGE_TASK_ID p" $SEEDFILE)
/home/user1/run.sh $SEED
Проблема в том,...
44408 просмотров
schedule
11.03.2023
Как использовать команду qsub -v в крутящем моменте PBS?
Я хотел бы передать переменные в сценарий csh с помощью команды «qsub -v». Я понимаю, что мы можем перечислить пары параметров-значений, как показано ниже,
qsub -v par1=value1 par2=value2 myScript.csh
Кто-нибудь знает, могут ли значения этих...
4599 просмотров
schedule
25.03.2022
Как запустить несколько команд в одной отправке задания PBS
Я написал код, который требует всего 1-4 процессора. Но когда я отправляю задание в кластер, я должен взять хотя бы один узел с 16 ядрами на задание. Поэтому я хочу запустить несколько симуляций на каждом узле с каждым заданием, которое я отправляю....
3050 просмотров
schedule
13.05.2022
как выполнить задание qsub итеративно
как выполнить работу qsub итеративно?
Пусть переменная i=2:10, для каждого i я хотел бы запустить «tmp.r» и сделать паузу в 10 секунд перед переходом к следующему i. И имя моего сценария — test.pbs. Я пробовал это:
for i in `seq 1 10`;do;qsub...
742 просмотров
schedule
16.08.2022
Цепочка заданий с qsub
У меня есть скрипт на python, который что-то делает с входным файлом, а затем отправляет новое задание с помощью qsub.
Как только это новое отправленное задание будет завершено, я хочу снова запустить скрипт Python. Таким образом, запуск этого...
553 просмотров
schedule
08.03.2023
Почему мои результаты становятся невоспроизводимыми при запуске из qsub?
Я запускаю Matlab на кластере. когда я запускаю свой сценарий .m из интерактивного сеанса Matlab в кластере, мои результаты воспроизводятся. но когда я запускаю тот же скрипт из команды qsub, как часть работы с массивом вдали от моего бдительного...
220 просмотров
schedule
24.04.2022
Ограничение количества заданий qsub ниже лимита заданий
Я пытаюсь выполнить настройку параметров моей модели обучения в ярком вычислительном кластере, что требует большого количества заданий из-за количества настраиваемых параметров. Для каждой комбинации параметров требуется около 162 заданий qsub. И...
846 просмотров
schedule
10.07.2023
Задание массива qsub - получить количество задач
Можно ли получить количество задач для отправленного задания массива? Как $SGE_TASK_ID для номера задачи.
Например, если я отправлю задание
qsub -t 1-4 my_script.sh
Я хотел бы получить 4 .
242 просмотров
schedule
23.03.2023
qsub возвращает ошибку при отправке заданий с узла
У меня есть сложное приложение Fortran MPI, работающее в системе Torque/Maui. Когда я запускаю свое приложение, оно выдает огромный уникальный результат (~ 20 ГБ). Чтобы избежать этого, я создал сценарий RunJob, который разбивает выполнение на 5...
3822 просмотров
schedule
17.05.2022
Запуск кода Java в кластере Sun Grid Engine
Я выполняю 500 заданий в кластере Sun Engine, и у меня возникли некоторые проблемы (администратор кластера приостановил мои задания, потому что я перегрузил ЦП). Код написан на Java.
Когда я запускаю одно из заданий на своем ПК (Ubuntu 14.04) и...
702 просмотров
schedule
13.03.2022
Использование цикла for с qsub для отправки пакетных заданий
Могу ли я посоветовать, как я могу использовать цикл for для файлов qsub для отправки пакетных заданий?
На данный момент это работает только в том случае, если я отправлю один файл для отправки задания с помощью команды:
qsub -v...
2033 просмотров
schedule
23.02.2023
Torque PBS: указание имени файла stdout в качестве идентификационного номера задания
По умолчанию выходные данные отправленного задания в очередь Torque будут сохранены в файл с именем вроде job_name.o658392 . Что я хочу сделать, используя этот пример, так это назвать выходной файл 658392.job_name.log вместо этого.
Я знаю, что...
1310 просмотров
schedule
30.08.2022
PBS: как распечатать историю выполнения заданий и как использовать имя сценария как PBS_JOBNAME?
Новое для qsub и HPC. У меня есть три небольших вопроса:
Я хочу иметь лучший способ узнать, какой сценарий задания соответствует какому stderr и stdout. Я понимаю, что могу вручную ввести имя задания и их stderr и stdout вот так (ну, прямо сейчас...
6502 просмотров
schedule
10.04.2024
Команда nohup при отправке заданий в кластер
Я пытаюсь отправить задание в кластер, что может занять до нескольких дней. Обычно для более короткого задания я просто выполняю qsub Arun1_scr, а затем жду завершения задания, отслеживая его состояние с помощью qstat. Arun_scr — это базовый скрипт....
933 просмотров
schedule
29.05.2022
Задание qsub, использующее параллель GNU, не выполняется
Я пытаюсь выполнить задание qsub в мультиузле (2) и PPN из 20, используя параллель GNU, однако это показывает некоторую ошибку.
#!/bin/bash
#PBS -l nodes=2:ppn=20
#PBS -l walltime=02:00:00
#PBS -N down
cd $PBS_O_WORKDIR
module load gnu-parallel...
398 просмотров
schedule
06.08.2022
как получить статус завершенных или прерванных заданий в qsub/torque
Используя крутящий момент, если я запускаю задание с qsub с определенными аргументами, задание завершается и происходят три вещи. 1) Я получаю файл file.eXXXX, содержащий стандартный вывод процесса 2) Я получаю файл file.oXXXX, содержащий стандартный...
1754 просмотров
schedule
16.06.2023
Использование среды Conda в SnakeMake на проблеме кластера SGE
Связано: Правило SnakeMake со скриптом Python, conda и кластером
Я пытался настроить свои конвейеры SnakeMake для работы на кластерах SGE (qsub). Нет проблем с использованием простых команд или инструментов, которые устанавливаются...
805 просмотров
schedule
04.05.2024
Как я могу перезапустить неудачное задание PBS в кластере (qsub)?
Я запускаю задание PBS (python) в кластере с помощью команды qsub . Мне любопытно узнать, как я могу перезапустить ту же работу с шага, на котором она не удалась? Любая помощь будет высоко оценена.
559 просмотров
schedule
23.05.2024
Невозможно запустить сценарий PBS на нескольких узлах с использованием параллельного GNU
Я пытался использовать несколько узлов в моем сценарии PBS для выполнения нескольких независимых заданий. Предполагается, что каждое отдельное задание использует 8 ядер, а каждый узел в кластере имеет 32 ядра. Итак, я хотел бы, чтобы каждый узел...
459 просмотров
schedule
07.09.2022
