Как я могу получить из базы данных PDB очень похожие структуры? Скажем, 98% или более последовательностей подобных структур?

Используя библиотеку biopython, я хочу удалить остатки, перечисленные в списке, следующим образом. Эта ветка ( http://pelican.rsvs.ulaval.ca/mediawiki/index.php/Manipulating_PDB_files_using_BioPython ) предоставляет пример удаления остатков. У меня...

Я пытаюсь взять один набор данных и вычесть каждое значение из этих данных другим набором данных. Например: Data set one (1, 2, 3) Data set two (1, 2, 3, 4, 5) Итак, я должен получить что-то вроде (1 - (1 .. 5)) , затем (2 - (1..5)) и...

Я хочу использовать fastacmd для извлечения определенных областей последовательностей fasta. Для этого мне нужно указать имя файла fasta -d , имя последовательности -s и позицию последовательности для извлечения -L . Например: fastacmd -d...

У меня есть файл PDB, который возвращается из прогноза стыковки рецептора/лиганда. Я не знаю, почему авторы программы назвали цепи А и для рецептора, и для лиганда, но я хочу это изменить. Это должно быть основной вещью, которую я хочу сделать, и я...