Вопросы по теме 'phylogeny'
филогенетическое сравнение деревьев
Я разработал новый алгоритм для сравнения филогенетического дерева (филогенетическое дерево - это просто бинарное дерево с корнями). В качестве входных данных у нас есть два дерева, мы хотим вычислить их процент сходства. один из примеров...
1325 просмотров
schedule
02.07.2022
Разноцветные линии на графике филогении в R
В R я хотел бы сделать несколько графиков, в которых я использую разноцветные линии, как в примерах ниже. Возможно, я мог бы сделать это, используя разные строки, расположенные рядом друг с другом, но проблема в том, что тогда трудно использовать...
151 просмотров
schedule
17.05.2024
Метки узлов на круговом филогенетическом дереве
Я пытаюсь создать круговое филогенетическое дерево. У меня есть эта часть кода:
fit<- hclust(dist(Data[,-4]), method = "complete", members = NULL)
nclus= 3
color=c('red','blue','green')
color_list=rep(color,nclus/length(color))...
2461 просмотров
schedule
13.06.2023
Ошибка при укоренении дерева на основе экономичности в R (библиотека ape)
Я выполняю анализ начальной загрузки в R с использованием алгоритма максимальной экономии (pratchet () в библиотеке ape). Когда я запускаю анализ некорневых деревьев (созданных с помощью функции pratchet ()), начальная загрузка выполняется нормально....
407 просмотров
schedule
09.08.2022
Как отображать длину ветвей в филогенетическом дереве
Здесь у меня есть код, который рисует простое филогенетическое дерево из формата newick:
library(ape)
t<-read.tree(text="(F:4,( (D:2,E:2):1,(C:2,(B:1,A:1):1):1):1);")
plot(t,use.egde.length=TRUE)
Я «показываю» правильную длину ветвей, но...
3600 просмотров
schedule
05.03.2022
Как получить таксономические специфические идентификаторы для царства, типа, класса, отряда, семейства, рода и вида из таксида?
У меня есть список такси, который выглядит так:
1204725
2162
1300163
420247
Я хочу получить файл с таксономическими идентификаторами в порядке из приведенных выше таксидов:
kingdom_id phylum_id class_id order_id...
3231 просмотров
schedule
15.02.2023
Добавление символов и информации в филогенетическое древо
Я рисую филогенетическое дерево и хочу добавить что-то вроде «мертвого символа» (например, черепа) на кончиках вымерших видов.
Я также хотел бы добавить полосу осей x с латексными символами во время ветвления (например, $ \ Delta t_i $ или...
815 просмотров
schedule
22.04.2022
Ошибка при использовании treedata() из пакета geiger в R
Я пытаюсь запустить следующие строки кода:
tree <- read.nexus("~/Dropbox/Billfishes/Analysis/Phylogenies/Fish_12Tax_time_calibrated.tre");
characterTable <- read.csv("~/Dropbox/Billfishes/Analysis/CodingTableThresh95.csv", row.names = 1);...
302 просмотров
schedule
24.09.2022
Сравнение изменений по двум матрицам
Я выполняю некоторые биогеографические анализы в R, и результат кодируется как пара матриц. Столбцы представляют географические регионы, строки указывают узлы в филогенетическом дереве, а значения в матрице представляют собой вероятность того, что...
26 просмотров
schedule
02.10.2023
пакет ape - распечатать сгенерированное дерево
Я использую пакет ape в R для создания филогенетических деревьев. Я хотел бы распечатать сгенерированное дерево в формате png, чтобы можно было передать изображение на веб-сайт. Кажется, я не могу найти команды для распечатки сгенерированного...
422 просмотров
schedule
20.10.2022
Как можно проанализировать черту, если у меня есть данные для нескольких людей на каждой вершине моего филогенетического древа?
Я новичок в филогенетическом анализе и использую библиотеку ape для анализа нейроанатомических признаков 34 приматов 28 различных видов. Я использовал 10 деревьев, чтобы получить согласованное филогенетическое дерево (с 28 подсказками). Однако я...
51 просмотров
schedule
27.08.2022
Филогенетическая модель с использованием нескольких записей для каждого вида
Я относительно новичок в моделях филогенетической регрессии. В прошлом я использовал PGLS, когда у меня было только 1 запись для каждого вида в моем дереве. Теперь у меня есть набор данных с тысячами записей для 9 видов, и я хотел бы запустить...
776 просмотров
schedule
19.04.2023
Вопросы MCMCglmm: несколько видов и ультраметрические деревья
Эти вопросы связаны с моим другим вопросом на Филогенетической модели с использованием нескольких записей для каждого разновидности Благодаря @ thomas-guillerme мне удалось запустить модель MCMCglmm.
Хотя у меня не было проблем с запуском...
236 просмотров
schedule
13.03.2022
Объедините дендрограмму с двудольными графами в R (tanglegram)
В настоящее время я работаю над созданием танглограммы, в которой выращиваемые виды находятся на одной стороне, а субстрат, на котором выращивается, — на другой стороне. Однако мне нужно, чтобы на выходе также была танглограмма, в которой каждая...
478 просмотров
schedule
25.07.2022
Сделать матрицу символов 0/1 из случайного филогенетического дерева в R?
Можно ли сгенерировать 0/1 символьные матрицы, подобные показанным ниже справа, из бифуркационных филогенетических деревьев, подобных тем, что показаны слева. 1 в матрице указывает на наличие общего символа, объединяющего клады.
Этот код...
1168 просмотров
schedule
26.07.2023
Наиболее близкородственные листья дерева (пакет ete3)
Здравствуйте, у меня есть дерево, такое как:
>>> print(tree)
/-A
--|
| /-B
\-|
| /-C
\-|
| /-D
\-|
\-E
tree=Tree("(A,(B,C,(D,E)));") (ete3 function)
И я ищу способ увидеть...
30 просмотров
schedule
21.11.2022
Как я могу создать большую танглограмму в R, которую можно прочитать и сохранить
Я использую cophyloplot для создания tanglegram из двух филогенетических деревьев. Этот метод хорошо работает с маленькими деревьями, но по мере того, как деревья становятся больше, выходное изображение остается того же размера, и я не могу найти...
245 просмотров
schedule
14.05.2022
Есть ли способ вручную настроить границы цветового градиента на филогенезе в обезьянах / фитоинструментах?
Я пытаюсь визуализировать результаты филогенетической регрессии методом наименьших квадратов, используя ape и phytools . В частности, я пытался создать уравнение регрессии для целей прогнозирования, и я смотрю, насколько филогенетический сигнал...
79 просмотров
schedule
07.01.2023
Как я могу нанести цветные метки подсказок в ggtree, не включая их в легенду?
Я пытался построить дерево с цветными ветвями и подсказками, используя пакет ggtree в R. Вот пример кода, использующего дерево ящериц Anolis .
library(ggtree);library(tidyverse);library(ape)...
123 просмотров
schedule
27.03.2023
Есть ли способ углубить модель PGLMM_compare в R (пакеты Phyr и MuMin)?
Я делаю сравнительный анализ, и мои ответные переменные равны 0 или 1, поэтому мне нужно провести филогенетически скорректированный анализ с биномиальным распределением ошибок. Я использовал функцию PGLMM_compare из пакета phyr (...
24 просмотров
schedule
21.02.2022
