Вопросы по теме 'mcmc'

Назначьте имена переменных списку объектов mcmc
Может быть, кто-то здесь с большим опытом работы с объектами mcmc сможет мне помочь. Проблема: у меня есть список, в котором хранится более 20 объектов mcmc. Мне нужно назначить имена переменных для каждого объекта mcmc. У меня есть еще один...
932 просмотров
r mcmc coda
schedule 25.10.2022
Как pymc представляет функцию априорного распределения и правдоподобия?
Если pymc реализует алгоритм Метрополиса-Гастингса для получения выборок из апостериорной плотности по интересующим параметрам, то для того, чтобы решить, переходить ли к следующему состоянию в цепи Маркова, он должен быть в состоянии оценить что-то,...
2264 просмотров
python bayesian mcmc pymc
schedule 18.10.2022
Ideal () в пакете R pscl не дает повторяющихся результатов
Я работаю с пакетом pscl в R и пытаюсь заставить его давать проверяемые/воспроизводимые результаты. Я взглянул на базовый код C, и он выглядит так, как будто GetRNGstate() и PutRNGstate() вызываются в нужных местах, но кажется невозможным...
585 просмотров
r mcmc pscl
schedule 17.09.2022
Вложенный фрейм данных
У меня техническая проблема, которую, кажется, я не могу решить самостоятельно. Я провел оценку с помощью пакета mcmcglmm . По результатам $ Sol я получаю доступ к оценкам апостериорных распределений. Применение class () говорит мне, что объект...
5503 просмотров
r mcmc
schedule 03.06.2022
PyMC: выборка шаг за шагом?
Я хотел бы знать, почему сэмплер невероятно медленный при пошаговой выборке. Например, если я запускаю: mcmc = MCMC(model) mcmc.sample(1000) выборка быстрая. Однако, если я запускаю: mcmc = MCMC(model) for i in arange(1000):...
812 просмотров
mcmc pymc
schedule 24.09.2022
Реализация алгоритма Метрополиса на Haskell
Я пытаюсь написать программу MCMC на основе алгоритма Метрополиса в Haskell, и у меня возникают проблемы с выборкой из вероятностных распределений (генерация псевдослучайных чисел) и структурированием программы. На данный момент я доволен...
273 просмотров
random mcmc haskell
schedule 25.01.2023
Импортировать модуль с параметром в Python
Можно ли импортировать модуль с каким-либо параметром в Python? Под параметром я подразумеваю то, что в модуле существует переменная, которая не инициализирована в этом модуле, но я использую эту переменную в этом модуле. Короче говоря, я хочу,...
27588 просмотров
python python-module python-import mcmc pymc
schedule 05.10.2022
Предупреждение pymc MAP: значение Stochastic tau не является ни числовым, ни массивом с dtype с плавающей запятой. Рекомендовать метод подгонки fmin (по умолчанию)
Я посмотрел на аналогичный вопрос здесь предупреждение pymc: значение не является ни числовым, ни массив с плавающей запятой dtype но ответов нет, может ли кто-нибудь сказать мне, должен ли я игнорировать это предупреждение или что делать в...
179 просмотров
bayesian mcmc stochastic pymc
schedule 07.02.2024
TypeError: hasattr(): имя атрибута должно быть строкой в ​​pymc
Я просмотрел следующие ссылки, но ни одна из них не дает решения, которое я ищу. https://github.com/pymc-devs/pymc/issues/125 Ошибка PyMC: hasattr(): имя атрибута должно быть строкой Мне нужно написать функцию, которая с учетом априорных...
673 просмотров
mcmc pymc
schedule 08.05.2022
Как получить апостериорную разницу с помощью MCMCpack?
Я пытаюсь получить апостериорное распределение, используя MCMCpack разницы между двумя коэффициентами конверсии, аналогично разделу А и Б вместе в это руководство по PyMC. Я могу получить апостериорные значения двух выборочных частот просто...
451 просмотров
r bayesian mcmc
schedule 01.05.2022
Полиномиальная модель MCMCglmm в R
Я пытаюсь создать модель с помощью пакета MCMCglmm в R. Данные структурированы следующим образом, где диада, фокус, прочее - все случайные эффекты, предикторы 1-2 - переменные-предикторы, а ответы 1-5 - переменные результата, которые фиксируют...
4511 просмотров
r bayesian mcmc glm
schedule 22.03.2022
Использование pymc3 для соответствия распределению Стьюдента
Не уверен, что я делаю что-то глупое или у pymc3 есть ошибка, но пытаясь подогнать T-распределение к нормальному, я получаю количество степеней свободы (от 0,18 до 0,25, я ожидаю чего-то высокого, 4-5 по крайней мере). Конечно, я получаю ту же...
1130 просмотров
bayesian mcmc pymc3 pymc
schedule 15.01.2023
MPI: как заставить один процесс завершать все остальные — python → fortran
У меня есть некоторый код выборки Python MCMC с поддержкой MPI, который запускает параллельные вызовы правдоподобия для отдельных ядер. Поскольку это (обязательно - не спрашивайте) отказная выборка, мне нужно, чтобы только одна из np выборок была...
1570 просмотров
python fortran mpi mcmc mpi4py
schedule 29.04.2022
Ускорьте случайную цепь Маркова в R с помощью data.table или парелелизации
Я пытаюсь ускорить моделирование методом Монте-Карло дискретной неоднородной по времени цепи Маркова с помощью data.table или некоторой формы распараллеливания. Используя случайные фиктивные матрицы перехода TM, я имитирую временные шаги nSteps в...
406 просмотров
r data.table performance matrix mcmc
schedule 24.02.2023
AIC и BIC смешанной модели PyMC
Я использую PyMC, чтобы подогнать некоторые данные к прямой линии. В данных есть выбросы, поэтому я адаптировал некоторый код (третий пример по ссылке) написано Джейком Вандерпласом для его учебника. Метод использует векторную переменную qi для...
1422 просмотров
python bayesian mcmc model-comparison pymc
schedule 13.05.2023
Реализация населения методом Монте-Карло
Я пытаюсь реализовать алгоритм Монте-Карло для населения, как описано в этой статье (см. стр. 78 Рис.3) для простой модели (см. функцию model() ) с одним параметром с использованием Python. К сожалению, алгоритм не работает, и я не могу понять,...
542 просмотров
python approximation montecarlo mcmc
schedule 08.02.2023
Какова правильная структура данных для моделирования цензурированных данных в MCMCglmm
Я хотел бы создать смешанную модель для оценки влияния моего лечения (Cort и Pred) на индивидуальное поведение. Поскольку мои данные подвергаются цензуре (лица, которые не выходят из своего убежища в течение заданного времени, получают максимальный...
433 просмотров
r mcmc mixed-models
schedule 12.06.2022
Что такое `trait:units` и `variance.function(trait):units` в MCMCglmm?
Я пытаюсь выполнить MCMCglmm такого рода df=data.frame(y=rep(c(0:2),each=12),x=rnorm(3*12)) MCMCglmm(data=df,fixed=y~x, family="categorical") и я получаю сообщение об ошибке For error structures involving catgeorical data with more than...
910 просмотров
r statistics bayesian mcmc glm
schedule 26.11.2022
Run Jags — извлечь несколько реализаций из объекта mcmc
У меня есть скрипт runjags, который генерирует предсказанную плотность нор для каждой клетки на острове. Я хочу получить несколько рисунков (около 100) от объекта mcmc для каждой ячейки. Мой научный руководитель считает, что я смогу сделать это с...
176 просмотров
mcmc jags runjags coda
schedule 08.11.2022
Извлечение коэффициентов из объекта mcmc
Извлечение данных из объектов всегда было для меня одним из самых запутанных аспектов R. Я установил модель байесовской линейной регрессии с использованием rjags и получил следующий объект mcmc: summary(m_csim) Iterations = 1:150000 Thinning...
493 просмотров
r mcmc jags
schedule 18.03.2023