Вопросы по теме 'hclust'

Список кластеризации для функции hclust
Используя метод plot(hclust(dist(x))) , я смог нарисовать карту дерева кластеров. Оно работает. Тем не менее, я хотел бы получить список всех кластеров, а не древовидную диаграмму, потому что у меня огромный объем данных (например, 150 тыс. Узлов),...
37309 просмотров
r hclust
schedule 24.01.2023
Ошибка с многомасштабной иерархической кластеризацией в R
Я выполняю иерархическую кластеризацию с помощью пакета R под названием pvclust , который основан на hclust за счет включения начальной загрузки для расчета уровней значимости для полученных кластеров. Рассмотрим следующий набор данных с 3...
5256 просмотров
r cluster-analysis correlation hierarchical-clustering hclust
schedule 02.03.2023
горизонтальная дендрограмма в R с метками
Я пытаюсь нарисовать дендрограмму из вывода функции hclust . Я надеюсь, что дендрограмма расположена горизонтально, а не по умолчанию, которую можно получить (например) require(graphics) hc <- hclust(dist(USArrests), "ave") plot(hc) Я...
35552 просмотров
r hclust dendrogram
schedule 04.04.2023
Как создать файл newick из кластера в R?
Приведенный ниже сценарий прекрасно работает, чтобы получить кластер с огромным набором данных, но мне нужно поместить кластер в файл newick или текстовый файл, чтобы я мог экспортировать его из R в другие программы редактирования, но я не могу найти...
4968 просмотров
r cluster-computing hclust
schedule 16.07.2022
Подмножества набора данных в виде отдельных дендрограмм, но на одном графике
Я знаю, что могу построить дендрограмму следующим образом library(cluster) d <- mtcars d[,8:11] <- lapply(d[,8:11], as.factor) gdist <- daisy(d, metric = c("gower"), stand = FALSE) dendro <- hclust(gdist, method = "average")...
1060 просмотров
r cluster-analysis plot hclust dendrogram
schedule 28.03.2024
Иерархическая кластеризация в R — проблемы pvclust
Я сделал воспроизводимый пример, когда у меня возникли проблемы с pvclust. Моя цель — выбрать идеальные кластеры в иерархической кластерной дендограмме. Я слышал о «pvclust», но не могу понять, как его использовать. Кроме того, если у кого-то есть...
829 просмотров
r hclust pvclust
schedule 05.09.2022
hclust () с cutreehow для построения кластера cutree () в одном hclust ()
Я кластерный мой hclust () дерево на несколько групп с cutree (). Теперь я хочу функцию hclust () в несколько groupmembers как hclust () ... ТАКЖЕ: Я разрезал одно дерево в 168 групп, и я хочу 168 hclust () деревья ... Мои данные 1600 * 1600...
11687 просмотров
r hclust dendextend
schedule 08.06.2024
Получите высоту среза, используя identity.hclust()
Я вручную вырезаю дендрограмму, созданную из hclust в R, используя identify.hclust . По умолчанию функция возвращает идентификаторы наблюдений в каждой группе. Мне нужна эта информация, но мне также нужно знать рост этой группы. Есть ли способ...
160 просмотров
r hclust dendrogram
schedule 01.04.2024
Разные результаты для hclust и agnes с использованием средней ссылки
Я применяю простую процедуру кластеризации к пользовательской смоделированной матрице подобия. ( https://github.com/ewouddt/Files/blob/master/sim_col.RData ) Однако я замечаю разницу между процедурами hclust и agnes при использовании средней...
1025 просмотров
r cluster-analysis hclust
schedule 26.08.2022
Получение иерархии кластеров и назначений вложенных кластеров
В настоящее время я изучаю иерархию в темах документов. В качестве первого шага я нахожу векторное представление своих документов, после чего использую иерархическую кластеризацию, чтобы определить, есть ли темы в темах документа. Я хочу...
757 просмотров
r hierarchical-clustering hclust dendrogram dendextend
schedule 05.04.2022
R получение поддеревьев из дендрограммы на основе меток разрезов
Я сгруппировал большой набор данных и нашел 6 кластеров, которые мне интересно проанализировать более подробно. Я нашел кластеры, используя hclust с методом "ward.D", и хотел бы знать, есть ли способ получить "поддеревья" из объектов hclust /...
4856 просмотров
r hclust dendextend
schedule 04.07.2022
Метки кластеров обрезаны на горизонтальной дендрограмме hclust.
Я использовал hclust и as.dendogram для создания дендрограммы, но когда я поворачиваю ее в горизонтальное положение, названия моделей обрезаются. Как я могу убедиться, что на графике отображаются все названия моделей?
1312 просмотров
r hclust dendrogram dendextend
schedule 14.07.2022
Добавление строк таблицы к меткам дендрограммы
По сути, я пытаюсь изменить метки моей дендрограммы на соответствующую строку в таблице. Например, рассмотрим набор данных USArrest. Прямо сейчас метки на дендрограмме — это просто названия штатов, «Алабама» и так далее. Но глядя на таблицу...
56 просмотров
r hclust dendrogram dendextend
schedule 12.10.2022
R, hclust: как создать представителя для каждого кластера?
Я выполнил кластеризацию, теперь я хочу использовать ее для замены отсутствующих значений. Моя идея состоит в том, чтобы вычислить представителя для каждого кластера, а затем заменить отсутствующие значения в соответствии с этим представителем....
103 просмотров
r cluster-analysis hclust
schedule 09.06.2023
как построить объекты hclust до определенного количества разрезов?
Я пытаюсь построить объект hclust. Сюжет выглядит нормально, но я хотел бы, чтобы сюжет не опускался до конца, а останавливался на 5-ти кадрах. Я пробовал ylim, но это ничего не меняет в сюжете. Мой код library(datasets) data <- iris...
25 просмотров
r hclust dendrogram
schedule 21.04.2023
Pheatmap не будет группировать строки: NA/NaN/Inf в вызове сторонней функции (аргумент 10)
Я использую одни и те же варианты кода тепловой карты для создания тепловых карт уже несколько месяцев без каких-либо проблем, но в последнее время он перестал кластеризовать строки. Столбцы по-прежнему группируются, как обычно, но всякий раз, когда...
1463 просмотров
r na hclust pheatmap
schedule 04.09.2022