Публикации по теме 'genetics'
Путешествие по GSoC, часть 3. Анализ данных
Выбор функций и обучение модели
Пожалуйста, ознакомьтесь с Частью 1 и 2 серии GSoC, если вы еще этого не сделали. Весь код можно найти здесь .
Теперь, когда мы собрали данные как из Ensembl, так и из RefSeq, пришло время сгенерировать функции, которые будут входным слоем для наших моделей машинного обучения.
А) Генерация признаков
Всего мы создали 12 и более фич, здесь я расскажу о самых важных —
Функция перекрытия: перекрывающийся ген — это ген , экспрессируемая..
Эпигенетическое тематическое моделирование онкогенов
Рак неразрывно связан с нашей генетикой
Рак. Вероятно, одна из самых сложных проблем, с которой столкнулось человечество с момента его зарождения. Тем не менее, это по-прежнему одна из самых трудноуловимых болезней, при которой трудно определить биологические механизмы и причины ее возникновения. Последние достижения в области биологии и онкологии показали, что рак имеет определенную связь с нашей генетикой, в частности, с нашей эпигенетикой или экспрессией определенных генов в..
Вопросы по теме 'genetics'
Какой объем памяти потребуется для хранения генома человека?
Я ищу объем памяти в байтах (МБ, ГБ, ТБ и т. д.), необходимый для хранения одного генома человека. Я прочитал несколько статей в Википедии о ДНК, хромосомах, парах оснований, генах и у меня есть некоторые приблизительные предположения, но прежде чем...
86909 просмотров
schedule
30.06.2022
Как я могу выбрать микроРНК человека из аффи-чипа при анализе данных с помощью R?
Я новичок в R и хочу проанализировать экспрессию микроРНК из набора данных из 3 групп. Может кто-нибудь мне помочь.
В этом случае я получил другие микроРНК (на аффи-чипах) в качестве наиболее экспрессируемых генов. Теперь я хочу выбрать только...
1150 просмотров
schedule
27.09.2022
R WGCNA гены-концентраторы Cytoscape
У меня следующая проблема с
WGCNA - http://labs.genetics.ucla.edu/horvath/htdocs/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/
Работа над Разделом 1.6, Экспорт сетей во внешнее программное обеспечение (Cytoscape)
В настоящее время я...
2534 просмотров
schedule
10.11.2022
R: найти перекрывающиеся области с помощью R
У меня есть набор данных, который содержит начальное и конечное положение сегментов в определенных местах (скаффолде), некоторые из этих сегментов перекрываются с другими, если они находятся в одном и том же каркасе.
> head(jobs)
JOB_N...
239 просмотров
schedule
14.11.2022
Упорядочить кадр данных по именам столбцов
У меня есть такой кадр данных:
G2_ref G10_ref G12_ref G2_alt G10_alt G12_alt
20011953 3 6 0 5 1 5
12677336 0 0 0 1 3 6
20076754 0 3 0 12 16 8...
145 просмотров
schedule
15.12.2022
Регулярное выражение для сопоставления определенного шаблона, только если он не соответствует другому шаблону
Мне нужно создать соответствующее регулярное выражение, чтобы найти генетические последовательности, и я застрял в одной конкретной проблеме - сначала начальный кодон ATG , а также другие кодоны из трех нуклеотидов, а регулярное выражение...
119 просмотров
schedule
20.06.2022
Расчет длины гена по координатам
Я получил от коллег список из тысяч генов с координатами. И это выглядит так:
NPHP4 Nephronophthisis 4, 606966 (3), Autosomal recessive; Senior-Loken syndrome 4, 606996 (3), Autosomal recessive...
24 просмотров
schedule
03.03.2023