Публикации по теме 'genetics'


Путешествие по GSoC, часть 3. Анализ данных
Выбор функций и обучение модели Пожалуйста, ознакомьтесь с Частью 1 и 2 серии GSoC, если вы еще этого не сделали. Весь код можно найти здесь . Теперь, когда мы собрали данные как из Ensembl, так и из RefSeq, пришло время сгенерировать функции, которые будут входным слоем для наших моделей машинного обучения. А) Генерация признаков Всего мы создали 12 и более фич, здесь я расскажу о самых важных — Функция перекрытия: перекрывающийся ген — это ген , экспрессируемая..

Эпигенетическое тематическое моделирование онкогенов
Рак неразрывно связан с нашей генетикой Рак. Вероятно, одна из самых сложных проблем, с которой столкнулось человечество с момента его зарождения. Тем не менее, это по-прежнему одна из самых трудноуловимых болезней, при которой трудно определить биологические механизмы и причины ее возникновения. Последние достижения в области биологии и онкологии показали, что рак имеет определенную связь с нашей генетикой, в частности, с нашей эпигенетикой или экспрессией определенных генов в..

Вопросы по теме 'genetics'

Какой объем памяти потребуется для хранения генома человека?
Я ищу объем памяти в байтах (МБ, ГБ, ТБ и т. д.), необходимый для хранения одного генома человека. Я прочитал несколько статей в Википедии о ДНК, хромосомах, парах оснований, генах и у меня есть некоторые приблизительные предположения, но прежде чем...
86909 просмотров

Как я могу выбрать микроРНК человека из аффи-чипа при анализе данных с помощью R?
Я новичок в R и хочу проанализировать экспрессию микроРНК из набора данных из 3 групп. Может кто-нибудь мне помочь. В этом случае я получил другие микроРНК (на аффи-чипах) в качестве наиболее экспрессируемых генов. Теперь я хочу выбрать только...
1150 просмотров
schedule 27.09.2022

R WGCNA гены-концентраторы Cytoscape
У меня следующая проблема с WGCNA - http://labs.genetics.ucla.edu/horvath/htdocs/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/ Работа над Разделом 1.6, Экспорт сетей во внешнее программное обеспечение (Cytoscape) В настоящее время я...
2534 просмотров
schedule 10.11.2022

R: найти перекрывающиеся области с помощью R
У меня есть набор данных, который содержит начальное и конечное положение сегментов в определенных местах (скаффолде), некоторые из этих сегментов перекрываются с другими, если они находятся в одном и том же каркасе. > head(jobs) JOB_N...
239 просмотров
schedule 14.11.2022

Упорядочить кадр данных по именам столбцов
У меня есть такой кадр данных: G2_ref G10_ref G12_ref G2_alt G10_alt G12_alt 20011953 3 6 0 5 1 5 12677336 0 0 0 1 3 6 20076754 0 3 0 12 16 8...
145 просмотров
schedule 15.12.2022

Регулярное выражение для сопоставления определенного шаблона, только если он не соответствует другому шаблону
Мне нужно создать соответствующее регулярное выражение, чтобы найти генетические последовательности, и я застрял в одной конкретной проблеме - сначала начальный кодон ATG , а также другие кодоны из трех нуклеотидов, а регулярное выражение...
119 просмотров
schedule 20.06.2022

Расчет длины гена по координатам
Я получил от коллег список из тысяч генов с координатами. И это выглядит так: NPHP4 Nephronophthisis 4, 606966 (3), Autosomal recessive; Senior-Loken syndrome 4, 606996 (3), Autosomal recessive...
24 просмотров
schedule 03.03.2023