Мне нужно составить список из большого количества файлов (40 000 файлов), как показано ниже: ERR001268_1_100.fastq ERR001268 ls ERR*_1_*.fastq |sed 's/\.fastq//g'|sort -n > masterlist 156.fastq ERR001753 ls ERR*_1_*.fastq |sed...

Я хочу получить идентификатор из строки в нескольких файлах, а затем добавить некоторую информацию до и после этого с помощью sed - я не хочу использовать что-либо еще. например, исходная строка выглядит так: 19F_4414_2.aln:>tai19F_14...

Следующие файлы представляют собой два сопряжения файла fastq с парным концом, я хочу разделить каждый файл fastq в зависимости от их длины. mate1.fq : @SRR127.1...

Я пытаюсь отредактировать файл fastq с помощью awk. @someheader example fastq file TGTACTTAGAGAAGCGC + BDDADHHIHHHIICHIG @nextheader CCGTAACCTGGGCAGTG + DDDDDHIIIIIIIIIII Чего я хочу добиться, так это: ищите следующее регулярное...

У меня есть 51 файл с данными метагеномной последовательности, которые я хотел бы преобразовать из fastq в fasta с помощью скрипта Biopython в Windows. Модуль SeqIO.convert легко конвертирует отдельно указанный файл, но я не могу понять, как...

Я пытаюсь преобразовать файл FASTQ (созданный из парной последовательности генома Illumina Miseq mate) в FASTA и в конечном итоге преобразовать его в Genbank с использованием аннотированной эталонной последовательности. Я следую инструкциям из...

У меня есть вопрос о случайном выборе чтения из выбранных парных файлов fastq. Я прочитал несколько тем, касающихся этого способа, но ни одна из них не смогла решить мою проблему, а именно: я получил два файла fastq R1.fastq и R2.fastq. Чего я хочу...

Я играю с некоторыми файлами fastq, обрезая определенные последовательности из 2-й строки последовательности fastq: Пример ввода: @D00733:159:CA65UANXX:8:1214:11297:78554 GTTTTACACAATTATACGGACTTTATCCGCTTTTGTGCCTCTTTAATTTC +...

Я пытаюсь извлечь определенную последовательность из файла fastq, используя grep для поиска идентификатора последовательности. less all_barcode03.fastq.gz @3cb04ae7-2c7b-4da8-8d09-59edb5b8f45c_t runid=7204dc15205b93bfd6430ca0f3a0218f11ce0787...

У меня есть файл fastq ниже, и я хочу разделить файл на lane=$2 . Мой код выполняет работу по его разбиению, но я также хочу, чтобы к выходным файлам добавлялась переменная $SM. Может кто-нибудь, пожалуйста, дайте мне знать, что мне не хватает в...