Вопросы по теме 'fasta'

перебирать записи FASTA и переименовывать дубликаты
У меня есть файл FASTA с большим количеством записей. Хотя все последовательности ДНК различны, некоторые названия FASTA идентичны. Если существует несколько копий имени, я хотел бы добавить номер, чтобы они стали уникальными именами. Например:...
2395 просмотров
r bioinformatics fasta
schedule 11.10.2022
Чтение последовательностей .fasta для извлечения нуклеотидных данных, а затем запись в файл с ограничением табуляции
Прежде чем продолжить, я подумал, что порекомендую читателям ознакомиться с моими предыдущими проблемами с Perl, поскольку я был новичком во всем этом. Это были мои сообщения за последние несколько дней в хронологическом порядке: Как сделать...
6677 просмотров
bioinformatics base perl fasta sequences
schedule 28.04.2022
Программа Perl печатает полные последовательности файлов .fasta в файл, но пытается достичь определенного количества нуклеотидов по отношению к генам
Пока мне удалось немного лучше понять Perl, что является облегчением, и я хочу поблагодарить вас, ребята. В настоящее время я все еще работаю над другим аспектом, где мне нужно прочитать файл .fasta и найти все нуклеотиды G и C, а затем создать файл...
1545 просмотров
tabs bioinformatics perl fasta
schedule 19.02.2024
Как я могу сделать гистограмму появления определенных шаблонов в файле FASTA?
Я написал Perl-скрипт для следующего вопроса по биоинформатике, но, к сожалению, возникла проблема с выводом. Вопрос 1) Из файла, состоящего из 40 000 уникальных последовательностей, уникальных, означающих номера идентификаторов...
570 просмотров
arrays regex bioinformatics perl fasta
schedule 08.04.2022
Мне нужно найти шаблон в строке заголовка моего файла и объединить следующую строку с Perl
Мой многофастовый архив в таком формате: >miRNA65 dvex2345 CGATGCTAGATGCTATGACAACGATGCCTCG-G >miRNA60 dvex1234 T-TAA-ACTCATCATCATCATACTCATCATCATCATCAGCATATTAACAAG >miRNA65 dvex2345 T-TAA-ACTTATCATCATCATACTCATCATCATCATCAGCATATTAACAAG...
151 просмотров
regex perl pattern-matching fasta dna-sequence
schedule 24.04.2022
Изменение заголовков FASTA с помощью инструментов командной строки Unix
Я снова застрял с изменением текста. Я хочу изменить большие текстовые файлы, такие как эти: >hg19_ct_UserTrack_3545_691 range=chr1:8121498-8121502 5'pad=0 3'pad=0 strand=+ repeatMasking=none GATGG >hg19_ct_UserTrack_3545_690...
2973 просмотров
unix awk grep sed fasta
schedule 21.04.2023
Разберите файл последовательности fasta, чтобы получить заголовок и последовательность в Python
Мне нужно сделать общий синтаксический анализатор для разбора файлов fasta с использованием Python. Формат такой: >gi|348686675|gb|JH159151.1| Phytophthora sojae unplaced genomic scaffold PHYSOscaffold_1, whole genome shotgun sequence...
1143 просмотров
python parsing fasta
schedule 11.06.2022
Нарезка файла fasta
Помоги мне, У меня есть файл fasta, я хочу применить к нему некоторые операции. Я полагаю, что мой файл содержит 500 последовательностей, и for i=1 to 500 я хочу взять три последовательности и применить некоторые функции, поэтому я буду выполнять...
385 просмотров
python fasta
schedule 28.12.2022
Невозможно проанализировать только последовательности из файла FASTA
Как я могу удалить идентификаторы типа '>gi|2765658|emb|Z78533.1|CIZ78533 C.irapeanum 5.8S rRNA gene and ITS1 and ITS2 DNA\n' из последовательностей? У меня есть такой код: with open('sequence.fasta', 'r') as f : while True:...
732 просмотров
python bioinformatics fasta
schedule 26.05.2023
Цикл Java через массив - Оптимизация
У меня есть некоторый код Java, который работает вполне ожидаемым образом, но это занимает некоторое время - несколько секунд, даже если задание просто перебирает массив. Входной файл представляет собой файл Fasta, как показано на изображении ниже....
846 просмотров
java string for-loop bioinformatics fasta
schedule 14.12.2022
Python – как распознать EOL в файле FASTA
У меня есть скрипт Python, который должен читать файл FASTA посимвольно. Для этого я использовал c = f.read(1) , где f — открытый файл. Мне нужно, чтобы он распознавал, когда он достигает конца строки, но '\n' и '\r', похоже, не работают. Я...
147 просмотров
python eol fasta
schedule 29.10.2022
как переименовать заголовки файлов fasta с помощью sed
я знаю, что это довольно легко, но я не могу заставить его работать. Я пытаюсь переименовать заголовок, используя sed, и хотя выражение reg работает, но я не могу переименовать заголовок fasta. Вот небольшой пример. У меня есть файл Fasta с...
10859 просмотров
sed fasta
schedule 26.04.2023
Длина последовательности файла FASTA
У меня есть следующий файл FASTA: >header1 CGCTCTCTCCATCTCTCTACCCTCTCCCTCTCTCTCGGATAGCTAGCTCTTCTTCCTCCT TCCTCCGTTTGGATCAGACGAGAGGGTATGTAGTGGTGCACCACGAGTTGGTGAAGC >header2 GGT >header3 TTATGAT Мой желаемый результат: >header1...
19486 просмотров
bash awk fasta
schedule 25.07.2022
Как найти запрос, который можно найти с помощью FASTA, но не с помощью BLAST, и наоборот?
Мне нужно найти последовательность или последовательности, которые должны давать результаты (попадания) в Fasta, но не в Blast, или наоборот. И я как-то потерян. На что следует обращать внимание при поиске этой последовательности?
160 просмотров
sequence bioinformatics fasta blast
schedule 18.07.2022
Извлечь последовательности из файла FASTA в несколько файлов, файл на основе header_IDs в отдельном файле
Я ищу решение python для извлечения нескольких последовательностей из файла FASTA в несколько файлов на основе соответствия списку идентификаторов заголовков. в отдельном файле. Это немного более сложная версия проблемы, размещенной на...
2965 просмотров
python regex biopython fasta
schedule 11.03.2022
Файл SAM в FASTA с помощью awk или sed?
Пример sam-файла здесь: @SQ SN:gi|669687444|gb|KJ769480.1| LN:1200 @SQ SN:gi|669687442|gb|KJ769479.1| LN:900 @SQ SN:gi|669687440|gb|KJ769478.1| LN:1162 @SQ SN:gi|669687438|gb|KJ769477.1| LN:1074 @SQ SN:gi|669687436|gb|KJ769476.1| LN:1194 @SQ...
1163 просмотров
bioinformatics awk sed fasta
schedule 11.07.2023
Конвертировать FASTA в GenBank
Есть ли способ использовать BioPython для преобразования файлов FASTA в формат Genbank? Есть много ответов о том, как перейти с Genbank на FASTA, но не наоборот.
2230 просмотров
biopython fasta genbank
schedule 09.12.2022
Обрежьте первые N баз в мультифайле fasta с помощью awk и распечатайте в формате максимальной ширины
Фон Формат multi fasta содержит несколько записей последовательностей, каждая запись начинается с однострочного описания, за которым следуют несколько строк последовательности (РНК, ДНК, белок). Строка описания имеет в начале символ больше,...
656 просмотров
awk fasta gawk
schedule 02.05.2022
Python: как распечатать последовательности длиной n из скользящего окна в файле FASTA?
У меня есть файл fasta с несколькими последовательностями, и я хотел бы выполнять скользящие окна с размером окна 5 и извлекать последовательности всякий раз, когда они проходят через последовательность. Например ( test1.fasta ): >human1 ATCGCGTC...
923 просмотров
python-3.x python python-2.7 biopython fasta
schedule 02.07.2022
Как случайным образом извлечь последовательности FASTA с помощью Python?
У меня есть следующие последовательности в формате fasta с заголовком последовательности и ее нуклеотидами. Как я могу случайным образом извлечь последовательности. Например, я хотел бы случайным образом выбрать 2 последовательности из всех...
2518 просмотров
python extract bioinformatics extraction fasta
schedule 26.03.2022