Вопросы по теме 'dna-sequence'
Строковые повторяющиеся подпоследовательности и сжатие
Я хотел бы сделать какой-то алгоритм «поиска и замены», который будет, по возможности, эффективным образом идентифицировать подстроку строки, которая встречается более одного раза, и заменять все вхождения этой подстроки токеном.
Например, учитывая...
555 просмотров
schedule
13.12.2022
Какой объем памяти потребуется для хранения генома человека?
Я ищу объем памяти в байтах (МБ, ГБ, ТБ и т. д.), необходимый для хранения одного генома человека. Я прочитал несколько статей в Википедии о ДНК, хромосомах, парах оснований, генах и у меня есть некоторые приблизительные предположения, но прежде чем...
86909 просмотров
schedule
30.06.2022
Мне нужно найти шаблон в строке заголовка моего файла и объединить следующую строку с Perl
Мой многофастовый архив в таком формате:
>miRNA65 dvex2345
CGATGCTAGATGCTATGACAACGATGCCTCG-G
>miRNA60 dvex1234
T-TAA-ACTCATCATCATCATACTCATCATCATCATCAGCATATTAACAAG
>miRNA65 dvex2345
T-TAA-ACTTATCATCATCATACTCATCATCATCATCAGCATATTAACAAG...
151 просмотров
schedule
24.04.2022
Поиск аминокислотных мотивов в белковой последовательности
У меня есть простая поисковая система, состоящая из словаря, в который включены коды и последовательности UniProt для нескольких записей.
В конце концов я хотел бы найти некоторые мотивы во всех этих последовательностях и напечатать их...
1721 просмотров
schedule
19.02.2022
Поиск последовательности в строке. ДНК
Мне нужно сделать программу, которая отделяет 3 от размера строки и сравнивает с другими последовательностями 3 в той же строке. Я собираюсь объяснить это.
Пользователь вводит эту строку ДНК = "ACTGCGACGGTACGCTTCGACGTAG", например. Начнем с n =...
3520 просмотров
schedule
26.02.2022
выравнивание последовательностей ДНК и маркировка SNP
Имею два фаста файла. Каждый файл содержит последовательности коротких геномных участков крысы или мыши с известным видоспецифическим SNP.
File_1 :
>Rat_1
GGTGCCTGTGTATTGCCTCTGTCGACTGCCTTACGATGTGACCCGCTTCATGAT
>Rat_2...
62 просмотров
schedule
17.02.2022
Tajimas D для последовательностей разной длины
Я пытаюсь использовать adegent в R для расчета D Tajima. У меня есть объект DNA.bin, содержащий мои последовательности из разных популяций. Последовательности имеют разную длину из-за SNP и вставок в них. Я получаю следующую ошибку при запуске...
829 просмотров
schedule
15.08.2022
Счетчик Python GC — Розалинд
Я пытаюсь написать программу, которая будет вычислять содержимое GC в каждой из серий последовательностей (ввод в формате fasta), а затем возвращать имя последовательности с наибольшим процентом и ее процент GC. Согласно этой задаче Розалинды ....
1853 просмотров
schedule
20.03.2023
Я пытаюсь обратно дополнить последовательность ДНК fasta
Я пытался обратно комплементировать последовательность ДНК fasta. Вот мой код:
fastafile=open('sequence (3).fasta','r')
entries=[]
reverse=""
sequence=['A','T','G','C','N']
for line in fastafile:
if not line.startswith('>'):
line =...
1999 просмотров
schedule
02.04.2022
Найдите все повторяющиеся 4-меры в последовательности ДНК - Perl
Привет,
Я пытаюсь написать программу, которая читает файл в формате FASTA, содержащий несколько последовательностей ДНК, идентифицирует все повторяющиеся 4-мерные (т. Е. Все 4-мерные, встречающиеся более одного раза) в последовательности и...
456 просмотров
schedule
16.06.2023
Использование потоков для анализа последовательности ДНК с помощью Perl
У меня есть пример последовательности ДНК, такой как: S = ATGCGGGCGTGCTGCTGGGCTGCT.... длиной 5 МБ. Кроме того, у меня есть координаты гена для каждого гена, например:
Gene no. Start End
1 1 50
2 60 100
3 110...
96 просмотров
schedule
18.10.2022
Найдите самую частотную последовательность среди других последовательностей
Мне дали 10 последовательностей ДНК, каждая из которых состоит из 18 оснований, и меня попросили написать программу, которая вычисляет наиболее часто встречающуюся последовательность (консенсус) среди всех этих последовательностей. Например,...
87 просмотров
schedule
14.06.2023
Неожиданный результат при рандомизированном поиске мотивов в цепочках ДНК
У меня есть следующие t=5 цепочки ДНК:
DNA = '''CGCCCCTCTCGGGGGTGTTCAGTAAACGGCCA
GGGCGAGGTATGTGTAAGTGCCAAGGTGCCAG
TAGTACCGAGACCGAAAGAAGTATACAGGCGT
TAGATCAAGTTTCAGGTGCACGTCGGTGAACC
AATCCACCAGCTCCACGTGCAATGTTGGCCTA'''
k = 8
t = 5
Я пытаюсь...
837 просмотров
schedule
18.05.2023
Решение, необходимое для идентификации частично совпадающих строк (последовательностей ДНК) в data.frame с большим количеством строк
Ищу решение следующей проблемы:
У меня есть фреймворк с более чем 6 миллионами строк, который содержит информацию о секвенировании (последовательность ДНК) в одной строке. В зависимости от способа представления набора данных во фрейме данных будут...
127 просмотров
schedule
11.05.2023
Как создать гистограмму данных микробиоты с одним цветом для более высокого таксономического ранга и градиентным цветом
У меня есть объект Phyloseq с моей таблицей OTU и таблицей TAX. Я хотел бы создать гистограмму, например, на уровне семьи, но семьи, принадлежащие к одному и тому же типу, будут отображаться одним цветом и отличаться градиентом этого цвета....
1033 просмотров
schedule
31.12.2022
Ошибка при использовании ABySS для сборки последовательности SRA
У меня возникли проблемы с использованием ABySS для сборки чтений, загруженных из NCBI SRA.
Команда, которую я использовал:
abyss-pe name=SRR530529_1 k=27 in=/home/bilalm/H_glaber_quality_filtering/AfterQC/good_reads/SRR530529.good.fq
Но...
98 просмотров
schedule
21.05.2023
Сгенерировать все перестановки с не более чем d несоответствиями
Я решал задачу на сопоставление с образцом с расстоянием Хэмминга до d для последовательности ДНК. Regex спас меня там. Но сейчас столкнулся с другой проблемой. Учитывая длинную последовательность ДНК, я должен найти наиболее частые несовпадающие...
258 просмотров
schedule
16.02.2024
Найти положение строки (последовательности ДНК) по ссылке с несовпадениями (N)
Я пытаюсь найти начальную и конечную позиции вдоль выравнивания генома для области прайминга, которая не является смежной, поэтому, по сути, есть 2 области. Вот упрощенный пример:
genome =...
96 просмотров
schedule
01.05.2023
