Публикации по теме 'dendrogram'
ML: иерархическая кластеризация
Существует множество алгоритмов кластеризации, но иерархическая кластеризация широко используется в областях биоинформатики из-за ее концепции. В этом посте я объясню иерархическую кластеризацию.
Иерархическая кластеризация
Есть много способов начать иерархическую кластеризацию. В нашем примере каждая точка данных будет использоваться в качестве начальных кластеров точек. Затем мы сравниваем расстояния между точками данных и объединяем их, когда они являются ближайшими. Это будет..
Вопросы по теме 'dendrogram'
Как создать дендрограмму без ASCII с помощью Python?
Пытаюсь создать дендрограмму с этим найденным блоком кода, и она работает до вызова:
r('mt_dist <- dist(t(mt))')
потом выдает ошибку:
RPy_RException: ошибка в dist(t(mt)) : объект (список) нельзя заставить ввести тип double
до...
585 просмотров
schedule
03.07.2022
Как пометить конечные узлы разрезанной дендрограммы?
Я использовал следующий код, чтобы вырезать дендрограмму на определенной высоте. Проблема, с которой я столкнулся, заключается в том, что когда я вырезаю дендрограмму, я не могу понять, как добавить метки к узлам. Как я могу вырезать дендрограмму с...
2839 просмотров
schedule
17.11.2022
Раскрашивание ветвей на дендрограмме в R
Уважаемые резиденты R гении,
Я хотел бы раскрасить ветви кластера в дендрограмме, где листья не помечены.
Я нашел следующий скрипт здесь, в Stackoverflow:
clusDendro <- as.dendrogram(Clustering)
labelColors <- c("red", "blue",...
4903 просмотров
schedule
24.10.2022
горизонтальная дендрограмма в R с метками
Я пытаюсь нарисовать дендрограмму из вывода функции hclust . Я надеюсь, что дендрограмма расположена горизонтально, а не по умолчанию, которую можно получить (например)
require(graphics)
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
plot(hc)
Я...
35552 просмотров
schedule
04.04.2023
Использование фрейма данных с x и y для заполнения матрицы
Вопрос R: я хотел бы использовать фрейм данных с координатами x в одном столбце и координатами y во втором столбце для заполнения матрицы. Затем матрица будет использоваться heatmap() для создания дендрограммы.
Вот пример:
> head(S1)...
748 просмотров
schedule
02.08.2023
Отметить сообщества igraph в dendPlot
Я пытаюсь построить дендрограмму сообщества, которое было обнаружено с помощью fastgreedy.community, но я хотел бы, чтобы ветки были помечены номером сообщества, которому они соответствуют.
Есть ли способ сделать это автоматически?
301 просмотров
schedule
08.11.2022
Плавный переход между макетами дерева, кластера, радиального дерева и радиального кластера
Для проекта мне нужно в интерактивном режиме изменить иерархическую компоновку данных визуализации — без какого-либо изменения базовых данных. Макеты, способные переключаться между собой, должны быть деревом, кластером, радиальным деревом и...
9082 просмотров
schedule
15.02.2023
Подмножества набора данных в виде отдельных дендрограмм, но на одном графике
Я знаю, что могу построить дендрограмму следующим образом
library(cluster)
d <- mtcars
d[,8:11] <- lapply(d[,8:11], as.factor)
gdist <- daisy(d, metric = c("gower"), stand = FALSE)
dendro <- hclust(gdist, method = "average")...
1060 просмотров
schedule
28.03.2024
Как получить доступ к атрибутам дендрограммы в R
Из дендрограммы, которую я создал с помощью
hc<-hclust(kk)
hcd<-as.dendrogram(hc)
я выбрал подветку
k=hcd[[2]][[2]][[2]][[2]][[2]][[2]][[2]][1]
Когда у меня просто отображается k, это дает:
> k
[[1]]
[[1]][[1]]
[1] 243...
965 просмотров
schedule
11.09.2022
Получите метки данных с одинаковым цветом в scipy дендрограмме
Я выполнил иерархическую кластеризацию, используя scipy , и следующая моя дендрограмма. Теперь мне нужно получить надписи на листьях определенного цвета. Например: мне нужно найти метки для красного, синего, зеленого и т. Д. Любая помощь по этому...
1860 просмотров
schedule
21.05.2022
Постройте дендрограмму, используя sklearn.AgglomerativeClustering
Я пытаюсь построить дендрограмму, используя атрибут children_ , предоставленный AgglomerativeClustering , но пока мне не повезло. Я не могу использовать scipy.cluster , поскольку в агломеративной кластеризации, представленной в scipy ,...
29677 просмотров
schedule
09.08.2022
Выравнивание дендрограммы с тепловой картой с помощью matplotlib
Я хотел бы создать рисунок, который сочетает в себе дендрограмму и тепловую карту. Пакет в R делает это очень хорошо, но я не могу найти способ сделать это в python. Вот пример из блога :
Прямо сейчас у меня есть скрипт на Python, который...
1157 просмотров
schedule
11.01.2023
Как визуализировать (дендрограмму) словарь иерархических элементов?
Это мой первый опыт визуализации иерархических данных в формате словаря с помощью Python. Последняя часть данных выглядит так:
d = {^2820: [^391, ^1024], ^2821: [^759, 'w', ^118, ^51], ^2822: [^291, 'o'], ^2823: [^25, ^64], ^2824: [^177, ^2459],...
7621 просмотров
schedule
26.06.2022
Отображение меток кластеров для дендрограммы scipy
Я использую иерархическую кластеризацию для кластеризации векторов слов и хочу, чтобы пользователь мог отображать дендрограмму, показывающую кластеры. Однако, поскольку могут быть тысячи слов, я хочу, чтобы эта дендрограмма была усечена до некоторого...
21359 просмотров
schedule
08.11.2022
Модификация дендрограммы с использованием dendextend в R
Я пытаюсь изменить и настроить дендрограмму кластера с помощью dendextend, используя следующие коды:
# prepare hierarchical cluster
hc = hclust(dist(mtcars))
dend <- as.dendrogram(hc)
dend %>% set("branches_lty", 3) %>% plot()...
202 просмотров
schedule
19.06.2022
Дендрограмма для анализа текста в R
Я пытаюсь создать дендрограмму в r на основе листа Excel для использования в анализе текста. У меня есть один большой столбец, каждая ячейка со строкой текста. Я хочу, чтобы наименьшая ветвь дендрограммы представляла отдельную ячейку, но когда я...
375 просмотров
schedule
03.12.2022
Получите высоту среза, используя identity.hclust()
Я вручную вырезаю дендрограмму, созданную из hclust в R, используя identify.hclust . По умолчанию функция возвращает идентификаторы наблюдений в каждой группе. Мне нужна эта информация, но мне также нужно знать рост этой группы. Есть ли способ...
160 просмотров
schedule
01.04.2024
Объединение тепловой карты и дендрограммы в гроб-график
Я пытаюсь построить heatmap вместе со строкой dendrogram , которой я манипулировал (сокращал количество ветвей), выровненной с помощью grid.draw .
Вот мои данные:
set.seed(10)
mat <-...
909 просмотров
schedule
24.06.2022
Как найти предка и родительские узлы из дендрограммы в MATLAB
У меня есть вывод Z из алгоритма связи в MATLAB.
Структура вывода Z приведена по этой ссылке https://uk.mathworks.com/help/stats/linkage.html (прокрутите вниз до вывода)
Я пытаюсь найти генеалогию внутренних узлов и листьев дендрограммы....
382 просмотров
schedule
27.04.2022
Дендрограмма: группировка по характеристикам
В прошлом я делал дендрограммы, следуя различным онлайн-руководствам (например, https://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/33876_1d7794d9a86647ca90c4f182df93f0e8.html )
Цель: сгруппировать Exposures по Category и визуализировать это в виде...
69 просмотров
schedule
29.07.2023
