У меня следующая проблема с WGCNA - http://labs.genetics.ucla.edu/horvath/htdocs/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/Tutorials/ Работа над Разделом 1.6, Экспорт сетей во внешнее программное обеспечение (Cytoscape) В настоящее время я...

Я пытаюсь создать новое приложение Cytoscape 3.x после создания пакета приложения Использование учебника IDE безуспешно. Руководству довольно легко следовать, однако, когда я запускаю Cytoscape, чтобы узнать, работает ли мое приложение, я вижу,...

Мне было поручено обновить плагин для Cytoscape , платформы программного обеспечения для биологической визуализации, до последней версии Cytoscape API. Cytoscape 3.x использует инфраструктуру OSGI (я думаю, Karaf 2.2.x) для взаимодействия со своими...

Я читаю и перебираю файл json, чтобы создать график с узлами и ребрами, используя цитоскейп библиотеки JavaScript, но у меня есть некоторые проблемы новичка. Вот мой псевдокод с псевдоошибками. 1) Создайте новый узел для каждого узла с меткой «x»...

я пытаюсь выяснить, как получить степень узла в моей сети? Я читал Cytoscape_3_App_Cookbook , однако не смог найти что я искал. Любые предложения/ресурсы будут оценены.

С помощьюcytoscape.js я хочу получить два эффекта одновременно : чтобы показать направленные стрелки для дуг между узлами И чтобы показывать настраиваемые метки для дуг между узлами. С кодом, доступным ниже, я могу отображать...

Перед использованием Cytoscape.js я использовал Cytoscape для визуализации биологических сетей. Cytoscape может создать автоматический макет из нашего сетевого файла, используя свой внутренний алгоритм размещения. Расположение макета очень разумно...

В представлении «Стиль узла», если я изменю цвет в настройке метки, он изменит весь цвет всех узлов. Я хочу контролировать цвет каждого отдельного узла. Как я могу это сделать? Спасибо за помощь.

Я столкнулся с ошибкой при открытии файла cytoscape. Все было нормально, когда я сохранил его и закрыл cytoscape, но когда я попытался открыть его через день, он сказал: «Неверный тип блока». Не уверен, в чем проблема. Пожалуйста, помогите, так как...

Я пытаюсь создать ребро после того, как создал узлы с помощью запроса AJAX. Мой код: success: function(data) { $.each(data['kids'], function(i, value) { cy.add({ group: 'nodes', data: { id: value['id'] },...

Я заинтересован в использовании Cytoscape для анализа молекулярных отношений между генами, и я читал руководства на веб-сайте Cytoscape, но не уверен, как использовать Cytoscape для сравнений «один-ко-многим». Например, каждый ген обычно...

У меня есть файл типа: A B 0.123 A C 0.84 B D 0.52 ... Где данные разделены табуляцией, а первый и второй столбцы - это узлы, а третий - связанный вес ребра. При попытке импортировать этот файл в cytoscape с помощью py2cytoscape я получаю...

Я установил Cytoscape, Java 11 и запустил файл Windows Bat. Вроде все нормально. При попытке открыть таблицу узлов я получаю много ошибок, связанных с невозможностью найти ресурсы: The virtual key 'VK_?' does not exist. couldn't find resource...

Я вручную создаю макет сети в Cytoscape версии 3.8.2. Я хотел бы иметь возможность определять длины ребер, чтобы сеть выглядела более однородной. Есть ли способ определить длину края свойства? В частности, я хочу, чтобы что-то вроде приведенного...