Я работаю над сервером, на котором пользователи должны иметь возможность запускать белковые последовательности в базе данных, и он использует исполняемый файл под названием blastall. Сервер генерирует исполняемый файл, который затем должен...

Я пытаюсь запустить blastn через biopython с помощью NCBIWWW. Я использую функцию qblast для заданного файла примера. У меня определено несколько методов, и все работает как шарм, когда мой fasta содержит достаточно длинные последовательности. ....

Я использую Biopython в первый раз. У меня есть данные о последовательности неизвестных организмов, и я пытаюсь использовать BLAST, чтобы определить, от какого организма они, скорее всего, произошли. Для этого я написал следующую функцию: def...

Мне нужно найти последовательность или последовательности, которые должны давать результаты (попадания) в Fasta, но не в Blast, или наоборот. И я как-то потерян. На что следует обращать внимание при поиске этой последовательности?

Я пытаюсь реализовать небольшой скрипт, чтобы автоматизировать локальное выравнивание взрыва. Я запускал команды в терминале, и он отлично работает. Однако, когда я пытаюсь автоматизировать это, у меня появляется сообщение типа: Пустой файл XML....

Я новичок в программировании. Последние пару недель я работал над проблемой биоинформатики, и прогресс был крайне ограничен. У меня есть большой файл FASTA с многочисленными геномами, я хочу запустить поиск BLAST «все против всех», который...

Я пытаюсь запустить автономный ncbi-blast-2.2.29+ на своей машине (Mac), но получаю это сообщение об ошибке при запуске blastx (или blastn) с моей базой данных: No alias or index file found for nucleotide database [db/viral.1.1.genomic] in search...

У меня есть относительно большой выходной файл blastn. Поскольку нет возможности указать минимальную длину последовательности запроса в нуклеотидах, моя идея состоит в том, чтобы искать ее после запуска с помощью awk. пример файла такой: >...

У меня есть кадр данных BLAST HSP (отображаются не все столбцы): query.id subject.id alignment.length 196 1032519524 1032519523 212 197 1032519524 1032519523 182 198 1032519524 1032519522 212 199...

Я пытаюсь автоматизировать вывод из нескольких файлов в каталоге. Переменные здесь жестко закодированы, но позже будут определены пользователем. Мои файлы будут изменены с помощью цикла, но у меня возникают проблемы с запуском NcbiblastpCommandline...

Я пытаюсь запустить локальный BLAST с помощью biopython, используя Bio.Blast.Applications. Однако при запуске приведенного ниже кода: from Bio.Blast.Applications import NcbiblastpCommandline result =...