Вопросы по теме 'biopython'
Скрипт для разбора биологической последовательности из общедоступной базы данных на Python
Приветствую сообщество stackoverflow,
В настоящее время я изучаю модуль биоинформатики как часть биомедицинской степени (я в основном новичок в Python), и в рамках задания по программированию на Python требуется следующая задача:
извлекать...
973 просмотров
schedule
23.09.2022
импортировать biopython в дистрибутив Enthought Python?
Я использую дистрибутив Python Enthought v7.0-2 (32-разрядная версия) и у меня проблемы с импортом biopython. Кто-нибудь знает, как импортировать biopython в EPD? Я могу без проблем импортировать другие библиотеки, такие как numpy, matplotlib и...
346 просмотров
schedule
16.02.2024
Как изменить последовательность записи GenBank?
Что я хотел бы сделать, так это сделать все не предполагаемые последовательности записи GenBank в нижнем регистре в файле генома.
До сих пор мне удалось получить начальное и конечное расположение белков в gbk. Оттуда я делаю следующее:
start =...
178 просмотров
schedule
12.06.2023
Как преобразовать трехбуквенный код аминокислоты в однобуквенный код с помощью python или R?
У меня есть файл fasta, как показано ниже. Я хочу преобразовать трехбуквенный код в однобуквенный код. Как я могу сделать это с помощью python или R?
>2ppo
ARGHISLEULEULYS
>3oot
METHISARGARGMET
желаемый результат
>2ppo
RHLLK...
17405 просмотров
schedule
03.08.2022
Вычисление расстояния между координатами атомов
У меня есть текстовый файл, как показано ниже
ATOM 920 CA GLN A 203 39.292 -13.354 17.416 1.00 55.76 C
ATOM 929 CA HIS A 204 38.546 -15.963 14.792 1.00 29.53 C
ATOM 939 CA ASN A 205 39.443...
6683 просмотров
schedule
24.10.2022
urllib2.HTTPError Python
У меня есть файл с номерами GI, и я хочу получить FASTA последовательности от ncbi.
from Bio import Entrez
import time
Entrez.email ="[email protected]"
f = open("C:\\bioinformatics\\gilist.txt")
for line in iter(f):
handle =...
2785 просмотров
schedule
18.01.2023
Подсчет появления определенного символа для каждого гена в файле fasta с использованием python
У меня есть файл fasta следующим образом:
>SO_0001
MTKIAILVGTTLGSSEYIADEMQAQLTPLGHEVHTFLHPTLDELKPYPLWILVSSTHGAGDLPDNLQPFC
KELLLNTPDLTQVKFALCAIGDSSYDTFCQGPEKLIEALEYSGAKAVVDKIQIDVQQDPVPEDPALAWLA
QWQDQI
>SO_0002...
1315 просмотров
schedule
15.03.2023
Получить кодирующую аминокислоту, когда в последовательности ДНК есть определенный образец
Я хотел бы получить кодирующую аминокислоту, когда в последовательности ДНК есть определенный образец. Например, шаблон может быть таким: АТАГТА. Итак, при наличии:
Входной файл:
>sequence1
ATGGCGCATAGTAATGC
>sequence2...
699 просмотров
schedule
18.07.2022
Как создать плоский файл генбанка
Мне трудно создать плоский файл генбанка с помощью Biopython SeqIO (во что-то вроде http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/CP003206 ) Я смог создать генбанк, выполнив
simple_seq = Seq(row[15],IUPAC.unambiguous_dna)
simple_seq_r =...
668 просмотров
schedule
10.06.2022
Размер стороннего объекта в памяти
Функция sys.getsizeof() возвращает размер объекта в памяти в байтах. Поскольку эта функция может возвращать неточные результаты для сторонних объектов , как мне определить, сколько памяти использует объект BioPython?
Я загрузил файл размером...
95 просмотров
schedule
19.10.2022
Параметры взрыва Biopython для коротких нуклеотидных последовательностей
Я пытаюсь запустить blastn через biopython с помощью NCBIWWW. Я использую функцию qblast для заданного файла примера. У меня определено несколько методов, и все работает как шарм, когда мой fasta содержит достаточно длинные последовательности. ....
1931 просмотров
schedule
03.08.2022
Извлечение последовательностей CDS в Biopython
Всем добрый день,
Я начинаю программировать на Biopython и мне интересно, как извлечь последовательности генов и идентификаторы белков из файла GenBank генома (*.gb), имеющего координаты всех признаков.
Моя идея состоит в том, чтобы создать...
6706 просмотров
schedule
31.01.2023
Запрос NCBI для последовательности из ncbi через Biopython
Как я могу запросить у NCBI последовательности с заданным идентификатором Genbank хромосомы, а также начать и остановить позиции с помощью Biopython?
CP001665 NAPP TILE 6373 6422 . + . cluster=9;
CP001665 NAPP TILE...
1050 просмотров
schedule
09.06.2022
Списки/словари из функции не возвращаются
Я пытаюсь написать скрипт на Python с использованием BioPython, который читает файл FASTA и создает список необработанных последовательностей ДНК в виде записей.
Поскольку этот код будет использоваться во многих других сценариях, которые я буду...
58 просмотров
schedule
11.02.2023
Использование Biopython для получения сведений о неизвестной последовательности с помощью BLAST
Я использую Biopython в первый раз. У меня есть данные о последовательности неизвестных организмов, и я пытаюсь использовать BLAST, чтобы определить, от какого организма они, скорее всего, произошли. Для этого я написал следующую функцию:
def...
928 просмотров
schedule
26.10.2022
Удаление остатка из PDB с помощью библиотеки Biopython
Используя библиотеку biopython, я хочу удалить остатки, перечисленные в списке, следующим образом. Эта ветка ( http://pelican.rsvs.ulaval.ca/mediawiki/index.php/Manipulating_PDB_files_using_BioPython ) предоставляет пример удаления остатков. У меня...
1415 просмотров
schedule
27.08.2023
Извлечь последовательности из файла FASTA в несколько файлов, файл на основе header_IDs в отдельном файле
Я ищу решение python для извлечения нескольких последовательностей из файла FASTA в несколько файлов на основе соответствия списку идентификаторов заголовков. в отдельном файле.
Это немного более сложная версия проблемы, размещенной на...
2965 просмотров
schedule
11.03.2022
Почему pip install biopython не работает (но другие пакеты успешно)?
Я пытаюсь установить пакеты Python в каталог, совместно используемый группой разработчиков. У нас нет разрешения sudo. Это работает для некоторых пакетов (например, seqmagick), но не для других (например, biopython). Может ли кто-нибудь сказать...
2736 просмотров
schedule
29.10.2022
Операция ввода-вывода Biopython + File - TypeError: ожидается объект символьного буфера
Я попытался прочитать файл FASTA с помощью Biopython и снова записать его в другой файл, прежде чем выполнять фактическую обработку последовательности.
w.write('Length of the Ref Seq: '+ ref_seq + ' is '+ str(len(ref_seq))+'\n')
TypeError:...
148 просмотров
schedule
12.06.2023
Конвертировать FASTA в GenBank
Есть ли способ использовать BioPython для преобразования файлов FASTA в формат Genbank? Есть много ответов о том, как перейти с Genbank на FASTA, но не наоборот.
2230 просмотров
schedule
09.12.2022
