Я уже создал базу данных GFF3 с объектом хранилища BioPerl (BIO:DB:SeqFeature:Store). Я создал файл GFF3 самостоятельно из результатов Blastx и создал серию собственных тегов в качестве атрибутов. Теперь я бы взял эти значения из базы данных, которую...

У меня есть текстовый файл, как показано ниже ATOM 920 CA GLN A 203 39.292 -13.354 17.416 1.00 55.76 C ATOM 929 CA HIS A 204 38.546 -15.963 14.792 1.00 29.53 C ATOM 939 CA ASN A 205 39.443...

Этот код работал правильно, но теперь он жалуется, изменилась ли структура генбанка? #!/usr/bin/perl -w...

Я хотел бы получить кодирующую аминокислоту, когда в последовательности ДНК есть определенный образец. Например, шаблон может быть таким: АТАГТА. Итак, при наличии: Входной файл: >sequence1 ATGGCGCATAGTAATGC >sequence2...

Я попытался установить новую версию BioPerl на свой компьютер без рута и получил ошибки, касающиеся слишком старых версий необходимых модулей. Поэтому я установил их в пользовательский каталог. Есть ли возможность установить параметр библиотеки...

Следующие файлы представляют собой два сопряжения файла fastq с парным концом, я хочу разделить каждый файл fastq в зависимости от их длины. mate1.fq : @SRR127.1...

Я использую модуль BioPerl для получения строки из набора параметров. Я следил за страницей HOWTO:Beginners . Модуль, по-видимому, возвращает хэш-объект. Как получить фактическую строку из хеш-объекта? use Bio::DB::GenBank; use Data::Dumper;...

Я использую Bio::DB::Sam в среде Centos7, используя версию 0.1.17 samtools. Я использую эту процедуру для выполнения моей установки: wget http://sourceforge.net/projects/samtools/files/samtools/0.1.17/samtools-0.1.17.tar.bz2 tar xjf...