Вопросы по теме 'bioconductor'
Как я могу выбрать микроРНК человека из аффи-чипа при анализе данных с помощью R?
Я новичок в R и хочу проанализировать экспрессию микроРНК из набора данных из 3 групп. Может кто-нибудь мне помочь.
В этом случае я получил другие микроРНК (на аффи-чипах) в качестве наиболее экспрессируемых генов. Теперь я хочу выбрать только...
1150 просмотров
schedule
27.09.2022
Проблемы с установкой пакета ShortRead в R, не удается установить зависимость RCurl
Я работаю с Bioconductor и хочу установить пакет ShortRead. Я пробовал много раз, но при установке пакета зависимостей RCurl возникает ошибка. Я получаю эту ошибку в RStudio:
Cannot find curl-config
Что мне делать? Есть ли...
747 просмотров
schedule
12.09.2022
Rgraphviz: метки краев за пределами области построения
Я пытаюсь построить объект Rgraphviz с двумя метками краев. К сожалению, ярлыки выходят за рамки сюжета. Вот мой пример:
require('Rgraphviz')
set.seed(123)
g1 <- randomGraph(letters[1:10], 1:4, 0.4)
eAttrs <- list()
eAttrs$label <-...
863 просмотров
schedule
08.07.2023
Преобразование списка в фрейм данных
У меня есть следующий список (к вашему сведению, этот список является частью пакета Bioconductor «gageData» и может быть установлен следующим образом):
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("gageData")
а потом...
101 просмотров
schedule
14.03.2023
Как сохранить файл Variant Call Format (VCF) на диск в R с помощью пакета VariantAnnotation
Я искал в Интернете это без особой удачи. Более или менее вы всегда получаете пример из пакета VariantAnnotation . И поскольку этот пример отлично работает на моем компьютере, я понятия не имею, почему созданный мной VCF не работает.
Проблема:...
1542 просмотров
schedule
07.01.2023
Поиск межгенных областей
Я хотел бы извлечь межгенные координаты для хромосомы. Я сделал кусок кода, но, поскольку я новичок в этих пакетах, я не уверен, что следую правильной логике:
library(IRanges)
library(GenomicFeatures)
library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)...
1223 просмотров
schedule
05.07.2022
p.adjust с n ‹, чем количество тестов
Я хотел бы применить функцию p.adjust в R, где n - это ‹ количество p-значений. Реальное количество независимых тестов меньше, чем количество p-значений, поскольку оно получено из геномных данных с нарушением равновесия по сцеплению (эффективное...
431 просмотров
schedule
08.08.2022
GOstats и termGraph - Извлечение всех графиков из списка
Я использую пакет R/Bioconductor GOstats. У меня проблема, которая не связана с функцией программы, а связана только с моей способностью перенаправлять вывод в Rscripts. Я запускаю процедуру под названием «termGraph», и на выходе получается список...
354 просмотров
schedule
03.11.2022
Подгруппировка на участке в R
Я хочу представить данные из разных отдельных ячеек в xyplot, а затем дать им цвет в базе другой категории. Однако, когда я смог представить это точками:
xyplot( signal ~ time | as.factor(treatment), data=data,groups=cell,
fill.color =...
66 просмотров
schedule
25.07.2022
Прочитайте длинную строку РНК в текстовом файле в R
У меня есть строка РНК в текстовом формате. Я хочу импортировать/прочитать его из txt-файла для функции перевода пакета Biostrings в R.
Я пробовал readRNAStringSet раньше, но эта функция читает форматы FASTA и FASTQ, однако мой файл не FASTA или...
178 просмотров
schedule
20.09.2022
рассчитать количество прочтений на миллион сопоставленных прочтений, используя R
df1 <- read.table(text="
gene_id A1 A2 A3 A4 length Total
ENSMUSG00000000028 58 93 48 58 789 200
ENSMUSG00000000031 11 7 20 16 364 54...
909 просмотров
schedule
03.07.2023
Нормализация покрытия глубины среди выборок
Это открытый вопрос, целью которого является определение состояний для каждой позиции в геноме (соответствующих сайтам «CpG»), которые различаются между образцами. Причина этого вопроса в том, что доступные инструменты определяют статус окон CpG, а...
864 просмотров
schedule
08.07.2022
R, GenomicRanges: найти ширину перекрывающихся диапазонов генома
Учитывая два GenomicRanges, например:
library(GenomicRanges)
gr1 <-
makeGRangesFromDataFrame(
data.frame(
chr = c("1","1","2","2"),
start = c(10,50,10,50),
end = c(20,60,20,60)
)
)
gr2 <-...
732 просмотров
schedule
18.09.2022
R-devel: объект checkCompilerOptions не найден при установке magrittr
Я установил R-devel на Ubuntu, следуя это руководство . При попытке установить magrittr с помощью install.packages("magrittr") я получаю следующее:
* installing *source* package ‘magrittr’ ...
** package ‘magrittr’ successfully unpacked and...
775 просмотров
schedule
14.01.2023
Ошибка glEnd (mesa-libGL / GLU) при установке пакета rgl на Centos6.7
Я пытаюсь установить «rgl» на CentOS 6.7, но не могу заставить его работать. Я видел множество похожих проблем, но у меня не сработало ни одно решение.
Моя система:
Centos 6.7 R версия 3.2.3 (2015-12-10) - «Деревянная елка» Платформа:...
1566 просмотров
schedule
26.09.2022
нет метода для принуждения этого класса S4 к вектору для использования mclust
Я пытаюсь использовать метод mclust для файла формата .FCS (который является файлом формата проточной цитометрии) и считываю этот файл в R как объект flowFrame.
install.packages("openCyto") # since the old version sefaulted my R session...
13369 просмотров
schedule
15.11.2022
Невозможно использовать пакет biomaRt для получения символов генов из идентификаторов Entrez.
Я использую следующий код для извлечения генных символов из идентификаторов Entrez:
library("biomaRt")
ensembl <- useMart("ENSEMBL_MART_ENSEMBL", dataset = "hsapiens_gene_ensembl", host = "www.ensembl.org")
g <- getBM(c("hgnc_symbol"),...
689 просмотров
schedule
29.03.2023
Установка пакета генома биокондуктора R
Я пытался использовать инструмент под названием seqplots для анализа некоторых данных секвенирования. Этот инструмент работает через биокондуктор и требует установки пакетов генома. На веб-сайте биокондуктора приведены следующие инструкции по...
248 просмотров
schedule
10.10.2022
Как преобразовать символ гена в Ensembl ID и uniprot_swissprot в R?
У меня есть список генов с их P-значением и значениями кратности изменения в виде матрицы.
Symbols Entrez_IDs logFC AveExpr t P.Value adj.P.Val B
7987405 RASGRP1 10125 -9.924e-01 6.937...
2373 просмотров
schedule
15.10.2022
Как отследить, какой идентификатор белка связан с каким идентификатором гена с помощью рентреза
У меня есть куча идентификаторов белков, и я хочу получить соответствующие кодирующие последовательности (CDS) без потери идентификатора белка. Мне удалось загрузить соответствующие CDS, но, к сожалению, идентификаторы CDS сильно отличаются от...
128 просмотров
schedule
23.05.2022
