Я пытаюсь создать круговое филогенетическое дерево. У меня есть эта часть кода: fit<- hclust(dist(Data[,-4]), method = "complete", members = NULL) nclus= 3 color=c('red','blue','green') color_list=rep(color,nclus/length(color))...

Я использую пакет ape в R для создания филогенетических деревьев. Я хотел бы распечатать сгенерированное дерево в формате png, чтобы можно было передать изображение на веб-сайт. Кажется, я не могу найти команды для распечатки сгенерированного...

Я новичок в филогенетическом анализе и использую библиотеку ape для анализа нейроанатомических признаков 34 приматов 28 различных видов. Я использовал 10 деревьев, чтобы получить согласованное филогенетическое дерево (с 28 подсказками). Однако я...

Можно ли сгенерировать 0/1 символьные матрицы, подобные показанным ниже справа, из бифуркационных филогенетических деревьев, подобных тем, что показаны слева. 1 в матрице указывает на наличие общего символа, объединяющего клады. Этот код...

Учитывая объект multiPhylo в R, как проще всего подсчитать количество повторяющихся топологий? Например, если я случайным образом выбираю из всех 15 возможных разрешений топологии с 4 наконечниками: library(ape) library(phytools) m <-...

Я пытаюсь визуализировать результаты филогенетической регрессии методом наименьших квадратов, используя ape и phytools . В частности, я пытался создать уравнение регрессии для целей прогнозирования, и я смотрю, насколько филогенетический сигнал...