Прежде чем продолжить, я подумал, что порекомендую читателям ознакомиться с моими предыдущими проблемами с Perl, поскольку я был новичком во всем этом.
Это были мои сообщения за последние несколько дней в хронологическом порядке:
- Как сделать Я усредняю значения столбцов из данных, разделенных табуляцией ... (решено)
- Почему я не вижу вычисленных результатов в моем выводе файл? (решено)
- Использование файла .fasta для вычисления относительного содержания последовательностей < / а>
Как я уже говорил выше, благодаря помощи некоторых из вас мне удалось выяснить первые два запроса, и я действительно извлек из этого урок. Я искренне благодарен. Для человека, который ничего об этом не знает и все еще чувствует, что не знает, помощь была практически находкой.
Последний вопрос остается нерешенным, и это продолжение. Я просмотрел некоторые из рекомендуемых текстов, но поскольку я пытаюсь закончить это до понедельника, я не уверен, что я что-то полностью упустил. В любом случае, я попытался выполнить эту задачу.
Просто чтобы вы знали, задача состоит в том, чтобы открыть и прочитать файл .fasta (я думаю, что наконец-то кое-что неплохо придумал, аллилуйя!), прочитать каждую последовательность, вычислить относительное содержание нуклеотидов G + C, а затем записать в файл TABDelimited имена генов и их соответствующее содержание G + C.
Несмотря на то, что я попытался это сделать, я знаю, что я далеко не готов выполнить программу, чтобы обеспечить результаты, которые мне нужны, поэтому я снова обращаюсь к вам, ребята, за некоторыми советами. , или примеры того, как это сделать. Как и в случае с моими предыдущими решенными запросами, я хотел бы, чтобы они были в стиле, аналогичном тому, в котором я их уже делал, - даже если это может быть не самый удобный / эффективный способ. Это просто позволяет мне знать, что я делаю на каждом этапе пути, даже если мне кажется, что я спамлю это!
В любом случае, файл .fasta читается примерно так:
>label
sequence
>label
sequence
>label
sequence
Я не уверен, как открыть файл .fasta, поэтому я не уверен, какие метки к каким относятся, но я знаю, что гены должны быть помечены как gag, pol или env. Нужно ли мне открывать файл .fasta, чтобы знать, что я делаю, или я могу сделать это «вслепую», выбрав указанный выше формат?
Это может быть совершенно очевидно, но я все еще борюсь со всем этим. Я чувствую, что уже должен был это понять!
Во всяком случае, текущий код у меня следующий:
#!/usr/bin/perl -w
# This script reads several sequences and computes the relative content of G+C of each sequence.
use strict;
my $infile = "Lab1_seq.fasta"; # This is the file path
open INFILE, $infile or die "Can't open $infile: $!"; # This opens file, but if file isn't there it mentions this will not open
my $outfile = "Lab1_SeqOutput.txt"; # This is the file's output
open OUTFILE, ">$outfile" or die "Cannot open $outfile: $!"; # This opens the output file, otherwise it mentions this will not open
my $sequence = (); # This sequence variable stores the sequences from the .fasta file
my $GC = 0; # This variable checks for G + C content
my $line; # This reads the input file one-line-at-a-time
while ($line = <INFILE>) {
chomp $line; # This removes "\n" at the end of each line (this is invisible)
foreach my $line ($infile) {
if($line = ~/^\s*$/) { # This finds lines with whitespaces from the beginning to the ending of the sequence. Removes blank line.
next;
} elsif($line = ~/^\s*#/) { # This finds lines with spaces before the hash character. Removes .fasta comment
next;
} elsif($line = ~/^>/) { # This finds lines with the '>' symbol at beginning of label. Removes .fasta label
next;
} else {
$sequence = $line;
}
}
{
$sequence =~ s/\s//g; # Whitespace characters are removed
return $sequence;
}
Я не уверен, что здесь что-то правильно, но его выполнение оставило у меня синтаксическую ошибку ar line 35 (за последней строкой, и, следовательно, там ничего нет!). Об этом говорится на "EOF". Это все, что я могу отметить. В противном случае я пытаюсь выяснить, как вычислить количество нуклеотидов G + C в каждой из последовательностей, а затем правильно свести это в таблицу в выходном файле .txt. Я считаю, что именно это подразумевается под файлом TABDelimited?
В любом случае, прошу прощения, если этот запрос кажется слишком длинным, «тупым» или повторяющимся, но, сказав это, я не смог найти никакой информации, непосредственно относящейся к этому, поэтому ваша помощь будет очень признательна, а объяснения для каждого шага, если возможно !!
Добрый.
