Учитывая такие данные:
#Cutpoint SN (1-PPV)
5 0.56 0.01
7 0.78 0.19
9 0.91 0.58
Как я могу построить кривую ROC с помощью R, которая дает такой же результат, как прикрепленный 
?
Я знаю пакет ROCR, но он не требует такого ввода.
Если вы просто хотите создать график (без этого глупого интерполяционного сплайна между точками), просто нанесите данные, которые вы даете, стандартным способом, добавив точку в (0,0) и добавив ее в (1,1), чтобы дать конечные точки кривой.
## your data with different labels
dat <- data.frame(cutpoint = c(5, 7, 9),
TPR = c(0.56, 0.78, 0.91),
FPR = c(0.01, 0.19, 0.58))
## plot version 1
op <- par(xaxs = "i", yaxs = "i")
plot(TPR ~ FPR, data = dat, xlim = c(0,1), ylim = c(0,1), type = "n")
with(dat, lines(c(0, FPR, 1), c(0, TPR, 1), type = "o", pch = 25, bg = "black"))
text(TPR ~ FPR, data = dat, pos = 3, labels = dat$cutpoint)
abline(0, 1)
par(op)
Объяснение кода: первый вызов plot() устанавливает область построения, вообще не рисуя. Обратите внимание, что я заставляю график покрывать диапазон (0,1) по обеим осям. Вызов par() сообщает R построить оси, которые охватывают диапазон данных — по умолчанию они расширяются на 4 процента диапазона по каждой оси.
Следующая строка, with(dat, lines(....)), рисует кривую ROC, и здесь мы добавляем и добавляем точки в (0,0) и (1,1), чтобы получить полную кривую. Здесь я использую type = "o", чтобы начертить как точки, так и линии, точки представлены символом 25, что позволяет залить их цветом, здесь черным.
Затем я добавляю метки к точкам, используя text(....); аргумент pos используется для размещения метки вдали от фактических координат построения. Я беру метки из объекта cutpoint во фрейме данных.
Вызов abline() рисует линию 1:1 (здесь 0 и 1 означают пересечение 0 и наклон 1 соответственно.
Последняя строка сбрасывает параметры графика до значений по умолчанию, которые мы сохранили в op перед построением графика (в первой строке).
Результирующий график выглядит следующим образом:
Это не точное факсимиле, и я предпочитаю график, использующий значения по умолчанию для диапазонов осей (добавляя 4 процента):
plot(TPR ~ FPR, data = dat, xlim = c(0,1), ylim = c(0,1), type = "n")
with(dat, lines(c(0, FPR, 1), c(0, TPR, 1), type = "o", pch = 25, bg = "black"))
text(TPR ~ FPR, data = dat, pos = 3, labels = dat$cutpoint)
abline(0, 1)
Опять же, не совсем факсимиле, но близко.
with(dat, lines(....)), где вам нужно заменить dat фреймом данных, содержащим вторую серию отсечек. В вызове lines() вы можете настроить символ графика и тип линии, а также цвет линий и точек, чтобы помочь вам отличить, какая серия какая. Если вы хотите пометить их, вам понадобится дополнительная text(....) строка для каждой новой with(dat, lines(....)) строки, которую вы добавляете.
- person Gavin Simpson; 17.02.2012
