Заменить подстроки увеличенным значением счетчика

preg_replace(array_fill(0, 5, '/'.$findme.'/'), range(1, 5), $string, 1);

Пример:

preg_replace(array_fill(0, 5, '/\?/'), range(1, 5), 'a b ? c ? d ? e f g ? h ?', 1);

Выход

a b 1 c 2 d 3 e f g 4 h 5

Если я правильно понял ваш вопрос...

<?php
//data resides in data.txt
$file = file('data.txt');
//new data will be pushed into here.
$new = array();
//fill up the array
foreach($file as $fK =>$fV) $new[] = (substr($fV, 0, 1)==">")? str_replace("num", $fK/2, $fV) : $fV;
//optionally print it out in the browser.
echo "<pre>";
print_r($new);
echo "</pre>";
//optionally write to file...
$output = fopen("output.txt", 'w');
foreach($new as $n) fwrite($output, $n);
fclose($output);

Я предпочитаю использовать preg_replace_callback() для этой задачи. Это более прямое решение, чем повторяющиеся одиночные вызовы preg_replace(), которые каждый раз перезапускаются с начала строки (проверка текста, который уже был заменен).

• ^ означает начало строки из-за модификатора шаблона m.
• \K означает перезапуск полного соответствия строки. Это эффективно предотвращает замену литерала >, поэтому заменяется только литеральная строка num.
• объявление счетчика static установит $counter в 0 только при первом посещении.
• пользовательской функции не требуется получать совпадающую подстроку, поскольку необходимо заменить все полное совпадение строки.

Код: (Демо)

$text = <<<TEXT
>num, blah, blah, blah

ATCGACTGAATCGA

>num, blah, blah, blah

ATCGATCGATCGATCG

>num, blah, blah, blah

ATCGATCGATCGATCG
TEXT;

echo preg_replace_callback(
         "~^>\Knum~m",
         function () {
             static $counter = 0;
             return ++$counter;
         },
         $text
     );

Вот мои два цента

function str_replace_once($correct, $wrong, $haystack) {
    $wrong_string = '/' . $wrong . '/';
    return preg_replace($wrong_string, $correct, $haystack, 1);
}

Вышеупомянутая функция используется для замены вхождения строки только один раз, но вы можете редактировать функцию для выполнения любой другой возможной операции.