филогенетическое сравнение деревьев

Я разработал новый алгоритм для сравнения филогенетического дерева (филогенетическое дерево - это просто бинарное дерево с корнями). В качестве входных данных у нас есть два дерева, мы хотим вычислить их процент сходства. один из примеров алгоритмов этого типа находится здесь.

Но большинство этих алгоритмов (насколько я знаю их все) не предлагали хороший способ проверить точность своих алгоритмов. например, если вы посмотрите на следующий рисунок, вы увидите, что между T1 и T3 больше сходства, чем между T1 и T2.

примеры трех филогенетических деревьев

Мне нужен метод проверки его точности меры сходства, чтобы быть уверенным, что мой алгоритм лучше предыдущих алгоритмов !!! (в большинстве случаев это несложно для человеческого глаза, но я не знаю, как распространить это на мое приложение)

ваша мера достоверности не должна зависеть от алгоритма.


person Community    schedule 23.01.2012    source источник
comment
вы можете спросить biostar.stackexchange.com   -  person Pierre    schedule 23.01.2012
comment
Было бы полезно, если бы вы предоставили более подробную информацию. Например, вас интересует, насколько похожи формы деревьев? Есть ли сходства или измерения расстояний, которые также следует учитывать?   -  person kc2001    schedule 24.01.2012
comment
Я не хочу находить измерение сходства для двух деревьев, на самом деле у меня есть одно, которое я назвал «А». Мне интересно найти способ заявить, что «А» лучше, чем предыдущие измерения сходства. Например, я могу создать случайное дерево (например, T1), медленно переупорядочивая листья T1 и создавая новые деревья, такие как T2, T3, ... (например, для T2 мы можем изменить положение только двух соседних листьев, но для T3 мы можем изменить порядок расположения 4-х листов и ...) мы также должны наблюдать уменьшение сходства между T1 и T2, T1 и T3 и ...   -  person    schedule 25.01.2012


Ответы (1)


Взгляните на "Оценка сходства графиков и сопоставление" и «Метод сравнения двух иерархических кластеров». Может быть, они (или ссылки по ссылкам) будут вам полезны.

person kc2001    schedule 24.01.2012