Источник моего .zshrc в сценарии bash

В вашем сценарии вы используете bash для запуска сценария zsh. Вы также можете попросить интерпретатор python проанализировать perl.

Либо измените bash на zsh в строке shebang, либо напишите скрипт с bash командами.

Это не так плохо, как Python против Perl. И bash, и zsh являются производными от оболочки Bourne (чье поведение стандартизировано POSIX), поэтому любой сценарий, предназначенный для работы с /bin/sh, скорее всего, будет работать как с bash, так и с zsh.

Обычно ваш ~/.zshrc, как следует из названия, предназначен для использования с zsh и обычно включает команды, специфичные для zsh, такие как autoload и compinit.

Вы можете сделать эти команды условными, например:

if [ "$ZSH_VERSION" ] ; then
    autoload -U compinit
    compinit
fi

Но, конечно, это означает, что вы не получите функциональности этих команд, если не найдете способ эмулировать их в bash. (Я не знаком ни с одной из команд, поэтому не могу вам помочь.)

(Обратите внимание, что это не удастся, если вы сделали set -u или set -o nounset в своей оболочке bash.)

Но если вы собираетесь использовать и zsh, и bash, вероятно, имеет смысл иметь отдельные файлы ~/.bashrc и ~/.zshrc и использовать каждый из них только с той оболочкой, для которой он предназначен. Если вы хотите избежать дублирования, каждый из них может создать третий файл, содержащий общие команды.

(И, судя по комментариям, вы, скорее всего, делаете что-то не так.)