Исправить повторяющиеся записи в таблице

Как насчет чего-то подобного? Сначала снова проверьте его на резервной копии.

# Copy duplicate records
CREATE TABLE newitem SELECT * FROM items WHERE item_ID IN 
    (SELECT item_ID FROM itemd GROUP BY item_ID HAVING COUNT(*) > 1);

# remove auto increment from id in new table
ALTER TABLE newitem DROP INDEX Item_ID, MODIFY item_ID int;

# delete duplicates from original
DELETE FROM item WHERE item_ID IN (SELECT DISTINCT item_ID FROM newitem);

#Update column to be primary key
ALTER TABLE items DROP INDEX Item_ID, ADD PRIMARY KEY (Item_ID);

# Set new duplicate ID's to null
UPDATE newitem SET item_ID=NULL;

# Insert records back into old table
INSERT INTO item SELECT * FROM newitem;

# Get rid of work table
DROP newitem;

Поскольку у вас уже есть ключ UNIQUE в таблице, вы можете использовать его для создания оператора UPDATE, который переназначает уникальные идентификаторы для item_id:

UPDATE
        items AS it
    JOIN
        ( SELECT 
              i.p_ID, i.url, @id:= @id+1 AS id
          FROM 
                  items AS i  
              CROSS JOIN 
                  ( SELECT @id:=0 ) AS dummy
          ORDER BY
              i.p_ID, i.url
        ) AS unq
      ON 
      (unq.p_ID, unq.url) = (it.p_ID, it.url)
SET 
    it.item_id = unq.id ;

Затем вы можете добавить уникальный индекс на item_id

Интересно. У вас есть auto_increment без ссылки на первичный ключ, просто индекс, поэтому у вас есть дубликаты в первую очередь. Если вы попытаетесь обновить и назначить primary key (item_ID), MySQL будет жаловаться из-за дубликатов в столбце item_ID.

Ваш движок - MyISAM, что означает, что у вас нет ограничений FK, поэтому вы можете сделать mysqldump таблицы, обрезать таблицу, обновить схему, а затем повторно импортировать данные. При повторном импорте MySQL должен правильно вставить все строки с действительно уникальными Item_Ids.

Я опишу шаги здесь, но я настоятельно рекомендую вам сделать это в среде разработки, чтобы убедиться, что шаги работают правильно, прежде чем применять их в рабочей среде. Я не несу ответственности за искаженные производственные данные :)

$ mysqldump -u <user_name> -h <db_host> --opt <database_name> --single-transaction > backup.sql

mysql> truncate table `items`;

mysql> ALTER TABLE `items` DROP INDEX `Item_ID`, ADD PRIMARY KEY (`item_ID`), AUTO_INCREMENT = 1;

$ vi backup.sql # Remove the AUTO_INCREMENT reference from the Create Table syntax

$ mysql -h <host_name> <db_name> -u <username> -p < backup.sql    

Попробуйте, эти шаги не проверены, но должны направить вас на правильный путь.