Выходные данные процесса становятся доступными только после завершения процесса

Возможно, это потому, что вы не уважаете Swing политика многопоточности. Все обращения к компонентам Swing должны выполняться в потоке диспетчеризации событий. Таким образом, ваш runnable должен использовать SwingUtilities.invokeLater для обновления текстовой области в EDT, а не в вашем отдельном потоке.

РЕДАКТИРОВАТЬ: как упоминает Альф в своем комментарии: JTextArea.append является потокобезопасным, поэтому здесь это не обязательно. Тем не менее, я бы все равно сделал это, потому что, если бы добавление к текстовой области было заменено или дополнено любым другим взаимодействием Swing, оно больше не было бы потокобезопасным.

Также может случиться так, что внешний процесс не отправляет символ новой строки, из-за чего readLine блокируется до тех пор, пока он не будет найден или не будет достигнут конец связи.

Просто чтобы помочь майнеру - ниже полный минималистичный (опущено все не совсем необходимое) пример, который действительно работает в моем контексте: каждая строка отображается в текстовой области как прочитанная. Это в основном использует SwingWorker, как предложил Джастин, и немного переделал вещи для ясности.

public class ProcessExample {

    public static class ProcessWorker extends SwingWorker<Void, String> {
        private JTextArea ta;
        private List<String> process;

        public ProcessWorker(List<String> command, JTextArea ta) {
            this.process = command;
            this.ta = ta;
        }

        @Override
        protected Void doInBackground() throws Exception {
            Process p = new ProcessBuilder(process).start();
            // Read Process Stream Output and write to LOG file
            BufferedReader is = new BufferedReader(new InputStreamReader(
                    p.getInputStream()));
            String line;
            while ((line = is.readLine()) != null) {
                publish(line);
            }
            is.close();
            return null;
        }

        @Override
        protected void process(List<String> chunks) {
            for (String string : chunks) {
                ta.append(string + "\n");
            }
        }

    }

    private void startProcess(JTextArea ta) {
        ArrayList<String> command = new ArrayList<String>();
        command.add("ping");
        command.add("127.0.0.1");
        new ProcessWorker(command, ta).execute();
    }

    private JComponent getContent() {
        JPanel main = new JPanel(new BorderLayout());
        final JTextArea ta = new JTextArea(20, 60);
        main.add(new JScrollPane(ta));
        Action action = new AbstractAction("Start!") {

            @Override
            public void actionPerformed(ActionEvent e) {
                startProcess(ta);
            }
        };
        main.add(new JButton(action), BorderLayout.SOUTH);
        return main;
    }

    public static void main(String args[]) throws IOException {
        SwingUtilities.invokeLater(new Runnable() {
            @Override
            public void run() {
                JFrame frame = new JFrame("Example");
                frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);

                frame.add(new ProcessExample().getContent());
                frame.pack();
                frame.setVisible(true);

            }
        });
    }

}

Вы можете попробовать ту же логику с SwingWorker. вместо. Вы можете расширить этот класс вместо реализации runnable. Это может взять вашу текстовую область в качестве параметра, и вы можете публиковать данные, не имея дело с SwingUtils.invokeLater, что проще...

Пытаться:

public class execute extends javax.swing.SwingWorker {  
      String line;
      Process p; 
      JTextArea jta;

      File f = new File( properties.prop.getProperty( "LOG_FILE_DIR" ) + "\\PartGen.log");

      public execute ( Process process , JTextArea jta ) {
          p = process;
          this.jta = jta;
      }

      //implements a method in the swingworker
      public void doInBackground() throws Exception {
        //Read Process Stream Output and write to LOG file
        BufferedReader is = new BufferedReader( new InputStreamReader(p.getInputStream()));

        while ( (line = is.readLine()) != null ) {
            osfile.writeline(line, f);
            publish(new String(line + "\n"));
        }   
        System.out.flush();  
        return null; 
  }
  //This will happen on the UI Thread.
  public void process(List lines){
      for(Object o : lines){
         jta.append((String)o);
      }
  }

  public void done(){
     try{
        get();
        //You will get here if everything was OK.  So show a popup or something to signal done.
     }catch(Exception ex){
         //this is where your IO Exception will surface, should you have one.
     }
  }
}

Кроме того, в вашем коде вызова, который, как я полагаю, находится где-то в вашем пользовательском интерфейсе:

    Process p = new ProcessBuilder(command).start();
    execute ex = new execute( p , yourTextArea);
    ex.execute();

Я не пытался это компилировать, поэтому вам, возможно, придется свериться с API, но, надеюсь, это даст вам представление о том, что делать.

Проблема заключалась не в том, что поток не собирал данные, а в том, что JTextArea просто не обновлялась. repaint(), revalidate() и updateUI() не обновили JTextArea, но сделали следующее:

Example.ta.update(Example.ta.getGraphics()); 

Проблема в этом случае связана с ожиданием:

p.waitFor();

Это заставляет прослушиватель действий кнопки ожидать в этой точке, пока процесс не будет завершен.