Переключить флажок программно

Прежде всего просмотрите мой ответ: Просмотр списка Android с флажками?

Хорошо, если вы хотите реализовать отмеченные/не отмеченные флажки в ListView, вам просто нужно реализовать следующие строки в методе getView():

 // also check this lines in the above example
ViewHolder holder = (ViewHolder) view.getTag();
holder.checkbox.setChecked(list.get(position).isSelected());

Также проверьте метод getView() для реализации события CheckBox, находящегося внутри ListView:

@Override
public View getView(int position, View convertView, ViewGroup parent) {
    View view = null;
    if (convertView == null) {
        LayoutInflater inflator = context.getLayoutInflater();
        view = inflator.inflate(R.layout.rowbuttonlayout, null);
        final ViewHolder viewHolder = new ViewHolder();
        viewHolder.text = (TextView) view.findViewById(R.id.label);
        viewHolder.checkbox = (CheckBox) view.findViewById(R.id.check);
        viewHolder.checkbox
            .setOnCheckedChangeListener(
                new CompoundButton.OnCheckedChangeListener() {

                @Override
                public void onCheckedChanged(CompoundButton buttonView,
                        boolean isChecked) {
                    Model element = (Model) viewHolder.checkbox
                            .getTag();
                    element.setSelected(buttonView.isChecked());
                }
            });
        view.setTag(viewHolder);
        viewHolder.checkbox.setTag(list.get(position));
    } else {
        view = convertView;
        ((ViewHolder) view.getTag()).checkbox.setTag(list.get(position));
    }
    ViewHolder holder = (ViewHolder) view.getTag();
    holder.text.setText(list.get(position).getName());
    holder.checkbox.setChecked(list.get(position).isSelected());
    // ......  
}

Программно в java-коде

CheckBox mCheckBox = (CheckBox) findViewById(R.id.checkBox);

mCheckBox.setChecked(true); //to check
mCheckBox.setChecked(false); //to uncheck

В андроиде XML

android:checked="true" //to check
android:checked="false" //to uncheck

as

<CheckBox
    android:id="@+id/checkBox"
    android:layout_width="wrap_content"
    android:layout_height="wrap_content"
    android:checked="true"
    android:text="Checkbox Item" />

Вы пробовали следующее?

@Override
public void onListItemClick(ListView listView, View view, int position, long id) {

    //Invert the checkbox-status        
    ((CheckedTextView) view.findViewById(R.id.text1)).setChecked(!isChecked());

    return;

}   

Вы можете использовать специальный базовый адаптер. Это позволит вам выбрать только один за раз, но вы можете изменить это, отменив проверку, чтобы увидеть, какие из них выбраны.

public class CheckBoxGridAdapter extends BaseAdapter{

    LayoutInflater inflater;
    ArrayList<Holder> list;
    int res;
    Context context;

    public CheckBoxGridAdapter(Context context, ArrayList<Holder> list, int layoutResourceId) {
        inflater = LayoutInflater.from(context);
        this.context = context;
        this.list =list;
        this.res = layoutResourceId;
    }

    @Override
    public int getCount() {
        return list.size();
    }

    @Override
    public Object getItem(int position) {
        return position;
    }

    @Override
    public long getItemId(int position) {
        return position;
    }

    public View getView(final int position, View convertView, ViewGroup parent) { 
        final ViewHolder holder; 
        if (convertView == null) { 
            convertView = inflater.inflate(res, 
                    parent, false);
            holder = new ViewHolder(); 
            holder.tv1 = (TextView) convertView.findViewById(R.id.checkBoxTxt); 
            holder.cb = (CheckBox) convertView.findViewById(R.id.checkBox); 
           convertView.setTag(holder); 
       } else { 
           holder = (ViewHolder) convertView.getTag(); 
       } 
       Holder h = list.get(position);
       holder.tv1.setText(h.getCBName());
       holder.cb.setOnCheckedChangeListener(new CompoundButton.OnCheckedChangeListener() {

           @Override
           public void onCheckedChanged(CompoundButton buttonView,
                   boolean isChecked) {
               if(isChecked)
               {
                    int pos = (Integer) buttonView.getTag();
                    checkChecks(pos);               
               }
               CheckBoxGridAdapter.this.notifyDataSetChanged();
           }
       });
       holder.cb.setTag(position);
       holder.cb.setChecked(list.get(position).getSelectState());
       return convertView; 
    }

    protected void checkChecks(int pos) {
            for(int i = 0;i<list.size();i++)
            {
                Holder h = (Holder) list.get(i);
                if(i==pos)
                {
                  Log.d( pos +" checked","is checked");
                  h.setSelectState(true);
                }
                else
                {
                     Log.d( i +" checked","is  not checked");
                     h.setSelectState(false);
                }
            }
    }

    static class ViewHolder
    {
        TextView tv1;
        CheckBox cb;
        RadioButton rb;
    }

}

Вы можете переключить флажок, выполнив следующие действия:

checkbox.setChecked(!checkbox.isChecked());

Где checkbox — ваш элемент Checkbox.