Я использовал следующий код, чтобы вырезать дендрограмму на определенной высоте. Проблема, с которой я столкнулся, заключается в том, что когда я вырезаю дендрограмму, я не могу понять, как добавить метки к узлам. Как я могу вырезать дендрограмму с метками с помощью программы R?
library(Heatplus)
cc=as.dendrogram(hclust(as.dist(mat),method="single"))
cutplot.dendrogram(cc,h=20)
Изрядно покопавшись в справочной документации для ?dendrogram, я наткнулся на функцию dendrapply, которая содержит пример, чтобы сделать что-то очень похожее. Вот ваше решение, основанное на модификации примера в ?dendrapply:
Создайте дендрограмму и обрежьте ее на высоте h=20:
dhc <- as.dendrogram(hc <- hclust(dist(USArrests), "ave"))
chc <- cut(dhc, h=20)$upper
Определите вектор с помощью newLabels и функцию newLab, которая изменяет метку отдельного узла. Затем передайте это dendrapply:
newLabels <- paste("Custom", 1:22, sep="_")
local({
newLab <<- function(n) {
if(is.leaf(n)) {
a <- attributes(n)
i <<- i+1
attr(n, "label") <- newLabels[i]
}
n
}
i <- 0
})
nhc <- dendrapply(chc, newLab)
labels(nhc)
[1] "Custom_1" "Custom_2" "Custom_3" "Custom_4" "Custom_5" "Custom_6"
[7] "Custom_7" "Custom_8" "Custom_9" "Custom_10" "Custom_11" "Custom_12"
[13] "Custom_13" "Custom_14" "Custom_15" "Custom_16" "Custom_17" "Custom_18"
[19] "Custom_19" "Custom_20" "Custom_21" "Custom_22"
plot(nhc)
Вот модифицированное решение для того, что написал Андри, но с использованием нового пакета под названием "dendextend", созданного специально для такого рода вещи.
Вы можете увидеть множество примеров в презентациях и виньетках пакета, в разделе «использование» по следующему URL-адресу: https://github.com/talgalili/dendextend
Вот решение этого вопроса:
# define dendrogram object to play with:
dhc <- as.dendrogram(hc <- hclust(dist(USArrests), "ave"))
chc <- cut(dhc, h=20)$upper
# loading the package
require(dendextend)# let's add some color:
# change labels with a simple assignment:
labels(chc) <- paste("Custom", 1:22, sep="_")
plot(chc)
Для установки пакета (поскольку я еще не загрузил его в CRAN) используйте:
####################
## installing dendextend for the first time:
if (!require('installr')) install.packages('installr'); require('installr')
## install.Rtools() # run this if you are using Windows and don't have Rtools
require2(devtools)
install_github('dendextend', 'talgalili')
require2(Rcpp)
install_github('dendextendRcpp', 'talgalili')
Бест, Таль
cc$labels
Это вектор всех элементов дендрограммы.
cc$labels <- myVector
Вы можете добавить свой собственный вектор, чтобы изменить метки
