Могу ли я манипулировать KML с помощью Google Maps API v3?

Нет, вы не можете сделать это так, поскольку в kmllayer нет полигонов, таких как объекты. Из документов Google. :

Maps API преобразует предоставленные географические данные XML в представление KML, которое отображается на карте с помощью мозаичного наложения V3. Этот KML выглядит (и отчасти ведет себя) как знакомые элементы наложения V3. Точечные элементы KML и GeoRSS отображаются как маркеры, например, элементы отображаются как ломаные линии, а элементы отображаются как многоугольники. Точно так же элементы отображаются на карте в виде прямоугольных изображений. Однако важно отметить, что эти объекты не являются маркерами Google Maps API, ломаными линиями, многоугольниками или накладками GroundOverlay; вместо этого они отображаются как один объект на карте.

Эта страница может быть полезна при изучении альтернатив