Как избежать добавления столбца ModelLik, когда tab_df() используется для экспорта таблицы AIC

Как пример два LMM.

lme1 <- lme(mpg ~ cyl + disp,
           random = ~1|disp, 
           method = "ML", 
           data = mtcars)

lme2 <- lme(mpg ~ cyl *  disp,
           random = ~1|disp, 
           method = "ML",
           data = mtcars)

Таблица AIC для выбора лучшей модели.

library(AICcmodavg)

Cand.models <- list( )
Cand.models[[1]] <- lme1
Cand.models[[2]] <- lme2

aictab(Cand.models, sort = TRUE)

Model selection based on AICc:

     K   AICc Delta_AICc AICcWt Cum.Wt     LL
Mod2 6 164.40       0.00   0.94   0.94 -74.52
Mod1 5 169.87       5.46   0.06   1.00 -78.78

Для экспорта таблицы AIC мне нравится использовать функцию tab_df().

library(sjPlot)

tab_df(aictab(Cand.models, sort = TRUE))

введите здесь описание изображения Ненужные функции tab_df() добавляют столбец ModelLik в таблицу, как этого избежать?


r sjplot
person Matthew    schedule 04.06.2021    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Причина в том, что объект, возвращаемый aictab, имеет еще несколько столбцов, а затем печатается с помощью его метода печати. Далее я присваиваю возвращенную таблицу переменной tb и проверяю ее с помощью str(). Если вы используете RStudio, вы также можете увидеть его в проводнике среды.

Функция tab_df просто форматирует фрейм данных, поэтому мы можем выбирать, удалять или даже переименовывать столбцы в соответствии с нашими потребностями. Ниже показан пример. В качестве небольшого приятного, я определил имена для моделей:

library("nlme")
library("AICcmodavg")
library("sjPlot")

lme1 <- lme(mpg ~ cyl + disp, random = ~1|disp, method = "ML", data = mtcars)
lme2 <- lme(mpg ~ cyl *  disp, random = ~1|disp, method = "ML", data = mtcars)

# alternative way to produce the list, can optionally provide speaking names 
Cand.models <- list( 
  'model 1' = lme1,
  'model 2' = lme2
)

# assign the table to a variable
tb <- aictab(Cand.models, sort = TRUE)
## look what is in

str(tb)
which_columns <- c("Modnames", "K", "AICc", "Delta_AICc", "AICcWt", "Cum.Wt", "LL")
tab_df(aictab(Cand.models, sort = TRUE)[which_columns])

Таблица AIC

person tpetzoldt    schedule 04.06.2021
comment
В качестве альтернативы функции tab_df from the rather special package **sjPlot** можно также использовать функцию knitr:kable, более широко используемую и еще более гибкую. - person tpetzoldt; 07.06.2021