Могу ли я сохранить постоянную ширину полосы на графике фасета R с разным количеством категорий в каждом фасете?

Я надеюсь, что кто-то может помочь мне с моей проблемой:

  • Мои данные состоят из категорий, которые содержат ряд генов с повышенной и пониженной регуляцией. Я хочу, чтобы они отображались как горизонтальные столбцы с накоплением. Это работает
  • Я отсортировал сгенерированные категории генов двумя методами (Terms), UP_Keyword и GO-Term. Они дали разное количество категорий генов. Проблем с обшивкой граней нет.
# A tibble: 10 x 4
   Category             Term       Reg   Reg_val  
   <chr>                 <chr>      <chr>   <dbl> 
 1 Transport            UP_Keyword Up         63  
 2 Transmembrane helix  UP_Keyword Up        341  
 3 Transmembrane        UP_Keyword Up        344  
 4 Transport            UP_Keyword Down        3  
 5 Transmembrane helix  UP_Keyword Down       12  
 6 Transmembrane        UP_Keyword Down        9  
 7 translation          GO_term    Up         41  
 8 glycolytic process   GO_term    Up          9  
 9 translation          GO_term    Down        0  
10 glycolytic process   GO_term    Down        1  

structure(
  list(
    Category = c(
      "Transport",
      "Transmembrane helix",
      "Transmembrane",
      "Transport",
      "Transmembrane helix",
      "Transmembrane",
      "translation",
      "glycolytic process",
      "translation",
      "glycolytic process"
    ),
    Term = c(
      "UP_Keyword",
      "UP_Keyword",
      "UP_Keyword",
      "UP_Keyword",
      "UP_Keyword",
      "UP_Keyword",
      "GO_term",
      "GO_term",
      "GO_term",
      "GO_term"
    ),
    Reg = c(
      "Up",
      "Up",
      "Up",
      "Down",
      "Down",
      "Down",
      "Up",
      "Up",
      "Down",
      "Down"
    ),
    Reg_val = c(63, 341, 344, 3, 12,
                9, 41, 9, 0, 1)
  ),
  row.names = c(NA,-10L),
  class = c("tbl_df",
            "tbl", "data.frame")
)

ex_plot <- ggplot(example_data, aes(x=Reg_val, y=Category, fill=Reg))+
  geom_col(width=0.5)+
  facet_wrap(.~Term, nrow=2, scales="free")

Вот как сейчас выглядит мой график

  • Я хочу, чтобы полосы были одинаковой ширины во всех аспектах. Есть ли способ сделать это?
  • Я нашел возможное решение здесь: https://community.rstudio.com/t/preserve-constant-bar-widths-for-uneven-faceted-plots/26837 Однако простое добавление space=free внутри facet_wrap() не приводит ни к каким изменениям, кроме предупреждения : неиспользуемый аргумент (пробел = свободен)

Если у кого-то есть решение моей проблемы, буду очень благодарен. Пожалуйста, постарайтесь объяснить так, чтобы это было понятно простому биологу.


r fixed-width ggplot2 facet-wrap
person Michelle T.    schedule 03.01.2021    source источник
comment
Пожалуйста, поделитесь данными вашего примера как dput(), чтобы мы могли скопировать/вставить их в R для тестирования. См. как сделать воспроизводимый пример   -  person MrFlick    schedule 03.01.2021

Ответы (1)


arrow_upward
3
arrow_downward

Способ facet_wrap() указания фасетов не допускает аргумента space = "free"; это аргумент для facet_grid().

В зависимости от того, где вы хотите разместить метки/заголовки фасетов, вы можете использовать либо facet_grid(), либо facet_row() из пакета ggforce. Примеры ниже.

library(ggplot2)

df <- data.frame(
  Category = c("Transport", "Transmembrane helix", "Transmembrane",
               "Transport", "Transmembrane helix", "Transmembrane",
               "translation", "glycolytic process",
               "translation", "glycolytic process"),
  Term = rep(c("UP_Keyword", "GO_term"), c(6, 4)),
  Reg = rep(c("Up", "Down", "Up", "Down"), c(3, 3, 2, 2)),
  Reg_val = c(63, 341, 344, 3, 12, 9, 41, 9, 0, 1)
)

# Make the core plot
plot <- ggplot(df, aes(Reg_val, Category, fill = Reg)) +
  geom_col(width = 0.5)

plot + facet_grid(Term ~ ., scales = "free", space = "free")


plot + ggforce::facet_col(~ Term, space = "free", scales = "free_y")

Создана 03 января 2021 г. в пакете reprex (v0.3.0)

person teunbrand    schedule 03.01.2021