Есть ли способ вручную настроить границы цветового градиента на филогенезе в обезьянах / фитоинструментах?

Я пытаюсь визуализировать результаты филогенетической регрессии методом наименьших квадратов, используя ape и phytools. В частности, я пытался создать уравнение регрессии для целей прогнозирования, и я смотрю, насколько филогенетический сигнал влияет на остатки (и, следовательно, на точность уравнения). Я использовал код, несколько похожий на следующий, чтобы построить результаты (хотя здесь он был переоборудован для фиктивных данных).

library("ape")
library("phytools")
orig_tree<-rtree(n=20)
plot(orig_tree)
values<-data.frame("residuals"=runif(20,min=-1,max=1),row.names=orig_tree$tip.label)
values<-setNames(values$residuals,rownames(values))
residualsignalfit<-fastAnc(orig_tree,values,vars=TRUE,CI=TRUE)
obj<-contMap(orig_tree,values,plot=FALSE)
plot(obj,fsize=.25)

Однако проблема заключается в том, что у меня есть несколько видов, которые демонстрируют чрезвычайно высокие остатки по сравнению с остальной частью набора данных. Поскольку минимальные и максимальные значения цветового градиента установлены равными минимальному и максимальному значениям фактического столбца, это размывает весь контраст между 90% набора данных для визуализации нескольких экстремальных значений выбросов. Ниже приведен код, который воспроизводит пример того, что я имею в виду, по сравнению с obj выше.

values2<-values
values2[6]<--2
values2[7]<-2
residualsignalfit2<-fastAnc(orig_tree,values2,vars=TRUE,CI=TRUE)
obj2<-contMap(orig_tree,values2,plot=FALSE)
plot(obj2,fsize=.25)

Это заставляет фигуру казаться, что филогенетического сигнала гораздо меньше, чем есть на самом деле, потому что он окрашивает все, кроме самых крайних выбросов, одинаково по цвету.

Я пытаюсь найти способ установить минимум и максимум цветового градиента, чтобы любое значение ≤ -1 было максимально возможным значением красного цвета, а любое значение ≥ 1 было максимально возможным значением синего цвета, тем самым обеспечивая больший контраст в остальном. остатков. Я пробовал использовать команду

plot(obj2,fsize=.25,lims=c(-1,1))

но, как вы можете видеть из этого кода, это ничего не делает. Я знаю, что ggplot2 имеет возможность масштабировать градиент цвета на основе значений, введенных пользователем, но я не могу понять, как сделать объекты филогении из ape или phytools, которые будут построены в ggplot2.

Учитывая это, есть ли способ манипулировать шаблоном цветового градиента в обезьянах / фитоинструментах, чтобы можно было произвольно установить максимальные и минимальные границы для цветового градиента?


r data-visualization plot phylogeny ape-phylo
person user2352714    schedule 20.12.2020    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Вы можете управлять шаблоном цветового градиента, сжимая значения между некоторыми произвольными границами (в моем примере это квантили 90%), чтобы настроить цветовой градиент в phytools::contMap:

## The vector of values with two outliers
values_outliers <- values
values_outliers[6] <- -10
values_outliers[7] <- 10

## The original heat plot object
contMap_with_outliers <- contMap(orig_tree, values_outliers, plot = FALSE)

plot(contMap_with_outliers, fsize = .25)

## Removing the outliers (setting them within to the 90% CI)
values_no_outliers <- values_outliers
## Find the 90% boundaries
boundaries <- quantile(values_no_outliers, probs = c(0.05, 0.95))
## Changing the values below the lowest boundary
values_no_outliers <- ifelse(values_no_outliers < boundaries[1], boundaries[1], values_no_outliers)
## Changing the values above the highest boundary
values_no_outliers <- ifelse(values_no_outliers > boundaries[2], boundaries[2], values_no_outliers)

## The heat plot object without outliers
contMap_without_outliers <- contMap(orig_tree, values_no_outliers, plot = FALSE)

plot(contMap_without_outliers, fsize = .25)
person Thomas Guillerme    schedule 28.12.2020