Как отображать метаданные при создании тепловой карты с помощью R

В настоящее время я новичок в изучении того, как создать тепловую карту на R, используя данные, хранящиеся в листах Excel. Однако до сих пор мне удалось создать простую тепловую карту, но я хотел знать, как я могу отображать метаданные над тепловой картой, как показано в прикрепленном файле. изображение в котором метаданные отображаются в виде цветных прямоугольников над тепловой картой. Я хочу знать, должен ли я сделать два отдельных листа Excel для отображения данных или один? было бы здорово, если бы я получил образец таблицы Excel, показывающий отображаемые значения для метаданных и тепловую карту вместе с кодом, который можно использовать? Спасибо !


r metadata heatmap gplots
person Quratulain Farooq    schedule 05.08.2020    source источник
comment
взгляните на пакеты pheatmap или ComplexHeatmap   -  person GordonShumway    schedule 05.08.2020

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Вот аналогичный пример с pheatmap. Вам нужно будет прочитать документацию и понять параметры, чтобы сделать ее подходящей для ваших данных.

# generate some example data
dta <- matrix(sample(0:2, 50, replace = TRUE), nrow=5)
rownames(dta) <- letters[1:5]
colnames(dta) <- LETTERS[1:10]

# prepare a data frame with the annotation
ann_df <- data.frame(row.names = colnames(dta),
                     Region = rep(c("first", "second"), times = c(3,7)),
                     Phylogroup = rep(c("A1", "B2"), times=5))

# plot the heatmap itself
pheatmap::pheatmap(dta,
                   color = c("grey", "pink", "brown"),
                   scale = "none",
                   cluster_rows = FALSE,
                   cluster_cols = TRUE,
                   cutree_cols = 3,
                   annotation_col = ann_df)
person Alexlok    schedule 05.08.2020
comment
эй @Alexlok, не могли бы вы помочь мне с подготовкой листа Excel или у вас есть подходящий учебник по созданию такой тепловой карты. На самом деле я студент биологических наук, поэтому я не знаю глубоких основ R или кодирования, однако ваше руководство по этому поводу будет очень полезным. - person Quratulain Farooq; 05.08.2020
comment
Боюсь, для этого нужно больше узнать о R. Я думаю, что первые главы этой книги понятны и должны дать вам необходимые инструменты: r4ds.had.co.nz/data-import.html . Короткая версия: сохраните свой Excel как csv, прочитайте его в R с помощью readr::read_csv, затем отформатируйте его как матрицу и поместите в фантомную карту. Но каждый шаг может зависеть от того, как на самом деле выглядят ваши данные. - person Alexlok; 05.08.2020