Ошибка при использовании ABySS для сборки последовательности SRA

У меня возникли проблемы с использованием ABySS для сборки чтений, загруженных из NCBI SRA.

Команда, которую я использовал:

abyss-pe name=SRR530529_1 k=27 in=/home/bilalm/H_glaber_quality_filtering/AfterQC/good_reads/SRR530529.good.fq

Но процесс сборки был остановлен с сообщением об ошибке «Abyss-fixmate: error: all reads is mateless». «

Хвост сообщения об ошибке:

Building the Burrows-Wheeler transform...
Building the character occurrence table...
Mateless   193637763  100%
Unaligned          0
Singleton          0
FR                 0
RF                 0
FF                 0
Different          0
Total      193637763

abyss-fixmate: error: All reads are mateless. This can happen when first and second read IDs do not match.
error: `SRR530529-3.hist': No such file or directory
/usr/bin/abyss-pe:561: recipe for target 'SRR530529-3.dist' failed
make: *** [SRR530529-3.dist] Error 1
make: *** Deleting file 'SRR530529-3.dist'

Версия ABySS: 2.0.1 Размер файла fastq: 52G

Что произошло? Что значит без пары? Я намеревался очистить данные, а затем собрать геном голого землекопа, используя 4 чтения fastq (SRR530529, SRR530530, SRR530531 и SRR530532), которые я загрузил из NCBI SRA.

Здоровья, Билли.


linux makefile bioinformatics genome dna-sequence
person Billy    schedule 25.07.2020    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Вы используете программу abyss для сборки парных чтений, но вы передаете ей только один файл. Если у вас есть парные чтения, каждая пара должна иметь одно и то же имя, чтобы их можно было распознать как пару. Обычно у вас будет прямое и обратное чтение в двух отдельных файлах, и вы будете передавать их следующим образом:

abyss-pe name=SRR530529_1 k=27 in='reads1.fa reads2.fa'

Если у вас есть одиночные чтения (mateless), то я не уверен, что бездна будет работать, но вы можете попробовать это:

abyss-pe name=SRR530529_1 k=27 se=/home/bilalm/H_glaber_quality_filtering/AfterQC/good_reads/SRR530529.good.fq

person lbal    schedule 26.07.2020
comment
Поэтому я использовал следующий код, любезно рекомендованный @Lucia Balestrazzi abyss-pe name=SRR530529_2_se k=27 se=/home/bilalm/H_glaber_quality_filtering/AfterQC/good_reads/SRR530529.good.fq = /usr/bin/abyss-pe:506: рецепт для цели 'SRR530529_2_se_1.fa' failed make: *** (SRR530529_2_se_1.fa] Killed Я не думаю, что возможно собрать одностороннее чтение/одиночное чтение с помощью ABySS... - person Billy; 28.07.2020