сравните два массива в javascript и удалите объект, который есть у обоих массивов

При использовании includes не сравнивайте объекты, просто создайте data как массив строк. Остальной код аналогичен тому, что у вас есть.

arr1 = [
  { id: 2, name: "TMA" },
  { id: 3, name: "Hibbernate" },
];

arr2 = [
  { id: 1, name: "FB.DE" },
  { id: 2, name: "TMA" },
  { id: 3, name: "Hibbernate" },
  { id: 4, name: "Event.it A" },
  { id: 5, name: "Projket 2" },
  { id: 6, name: "Projekt 1" },
];

const data = arr1.map(({ id }) => id);
const result = arr2.filter(({ id }) => !data.includes(id));

console.log(result);

Ваш массив data, вероятно, не содержит точно такие же ссылки на объекты, как projectsOfPersonArray. Посмотрите на код ниже:

[{ foo: 'bar' }].includes({ foo: 'bar' });
// false

Объекты выглядят одинаковыми, но они не используют одну и ту же ссылку (= они не одинаковы). Безопаснее использовать includes с примитивными значениями, такими как числа или строки. Например, вы можете проверить идентификаторы ваших объектов вместо полных объектов.

Вы сравниваете разные объекты, поэтому каждый объект уникален.

Для фильтрации необходимо сравнить все свойства или использовать строку JSON, если порядок свойств одинаковый.

var exclude = [{ id: 2, name: "TMA" }, { id: 3, name: "Hibbernate" }],
    data = [{ id: 2, name: "TMA" }, { id: 3, name: "Hibbernate" }, { id: 1, name: "FB.DE" }, { id: 2, name: "TMA" }, { id: 3, name: "Hibbernate" }, { id: 4, name: "Event.it A" }, { id: 5, name: "Projket 2" }, { id: 6, name: "Projekt 1" }],
    result = data.filter(project =>
        !exclude.some(item => JSON.stringify(item) === JSON.stringify(project))
    );

console.log(result);

.as-console-wrapper { max-height: 100% !important; top: 0; }

Вы можете сделать что-то похожее на следующее:

const source = [{
    id: 1,
    name: "FB.DE"
  },
  {
    id: 2,
    name: "TMA"
  },
  {
    id: 3,
    name: "Hibbernate"
  },
  {
    id: 4,
    name: "Event.it A"
  },
  {
    id: 5,
    name: "Projket 2"
  },
  {
    id: 6,
    name: "Projekt 1"
  }
]
const toRemove = [{
    id: 2,
    name: "TMA"
  },
  {
    id: 3,
    name: "Hibbernate"
  }
]

/**create object where keys is object "id" prop, and value is true**/
const toRemoveMap = toRemove.reduce((result, item) => ({
  ...result,
  [item.id]: true
}), {})

const result = source.filter(item => !toRemoveMap[item.id])

Вы можете сделать из него функцию:

function removeArrayDuplicates (sourceArray, duplicatesArray, accessor) {
  const toRemoveMap = duplicatesArray.reduce((result, item) => ({
    ...result,
    [item[accessor]]: true
  }), {});
  return sourceArray.filter(item => !toRemoveMap[item[accessor]])
}

removeArrayDuplicates(source, toRemove, 'id')

Или, что еще лучше, вы можете заставить его работать с функцией, а не просто с методом доступа к свойству:

function removeDuplicates (sourceArray, duplicatesArray, accessor) {
  let objectSerializer = obj => obj[accessor];
  if(typeof accessor === 'function') {
    objectSerializer = accessor;
  }
  const toRemoveMap = duplicatesArray.reduce((result, item) => ({
    ...result,
    [objectSerializer(item)]: true
  }), {});
  return sourceArray.filter(item => !toRemoveMap[objectSerializer(item)])
}

removeDuplicates(source, toRemove, (obj) => JSON.stringify(obj))

Эта функция поможет вам объединить два отсортированных массива

var arr1 = [
  { id: 2, name: 'TMA' },
  { id: 3, name: 'Hibbernate' },
]
var arr2 = [
  { id: 1, name: 'FB.DE' },
  { id: 2, name: 'TMA' },
  { id: 3, name: 'Hibbernate' },
  { id: 4, name: 'Event.it A' },
  { id: 5, name: 'Projket 2' },
]
function mergeArray(array1, array2) {
  var result = []
  var firstArrayLen = array1.length
  var secondArrayLen = array2.length
  var i = 0 // index for first array
  var j = 0 // index for second array
  while (i < firstArrayLen || j < secondArrayLen) {
    if (i === firstArrayLen) { // first array doesn't have any other members
      while (j < secondArrayLen) { // we copy rest members of first array as a result
        result.push(array2[j])
        j++
      }
    } else if (j === secondArrayLen) { // second array doesn't have any other members
      while (i < firstArrayLen) { // we copy the rest members of the first array to the result array
        result.push(array1[i])
        i++
      }
    } else if (array1[i].id < array2[j].id) {
      result.push(array1[i])
      i++
    } else if (array1[i].id > array2[j].id) {
      result.push(array2[j])
      j++
    } else {
      result.push(array1[i])
      i++
      j++
    }
  }
  return result
}

console.log(mergeArray(arr1,arr2));