Я заинтересован в использовании Cytoscape для анализа молекулярных отношений между генами, и я читал руководства на веб-сайте Cytoscape, но не уверен, как использовать Cytoscape для сравнений «один-ко-многим».
Например, каждый ген обычно обозначается как «узел» с «краями», которые соответствуют взаимодействиям с другими генами. Cytoscape использовал «Атрибуты» для сопоставления имен узлов или ребер с определенными значениями данных. При простом сравнении «один к одному» у вас может быть список из 10 генов со значениями их экспрессии, так что атрибутом для каждого гена будет 1) имя гена и 2) значение экспрессии. Кажется очевидным, как Cytoscape будет использовать эти типы данных для построения сети взаимодействия.
Однако у меня есть несколько значений данных для каждого гена (узла), например. для гена X у меня будут значения данных, которые указывают на предсказанные взаимодействия между геном X и всеми другими генами в анализе. Мне не ясно, как использовать атрибуты или другие функции Cytoscape для перевода этого типа набора данных «один ко многим» в формат, который Cytoscape может читать.
Моя цель состоит в том, чтобы иметь определенное количество генов в качестве узлов, с ребрами, соединяющими каждый ген с любым другим геном, с которым, по прогнозам, он будет взаимодействовать, точно так же, как графики анализа взаимодействия канонических генов, которые создает Cytoscape и подобное программное обеспечение.
Пожалуйста, дайте мне знать, есть ли у кого-нибудь совет о том, как правильно использовать данные «один ко многим» в качестве входных для Cytoscape.
Спасибо!
