Как поддерживать базовую аутентификацию и аутентификацию носителя для проекта REST API

Что вы хотите, прочитав вашу проблему, так это иметь два типа аутентификации (токен и httpBasic) для двух разных конечных точек. Этого можно добиться, создав два разных bean-компонента WebSecurityConfigurerAdapter. Spring Boot позволяет это сделать, как показано ниже:

• @Order(1) - /resource|user|appointment/** защищен аутентификацией токена-носителя.
• @Order(2) - /internal/** защищен базовой аутентификацией.

Просмотрите документы для Spring Boot и пример кода здесь.

   @EnableWebSecurity
   public class SecurityConfig {

    @Configuration
    @Order(1)
    public class ApiSecurityConfig extends WebSecurityConfigurerAdapter {

        @Override
        protected void configure(HttpSecurity http) throws Exception {
            http
                .antMatcher("/resource/**")
                .antMatcher("/user/**")
                .antMatcher("/appointment/**")
                .authorizeRequests()
                    .anyRequest().authenticated()
                .and() .sessionManagement().sessionCreationPolicy(SessionCreationPolicy.STATELESS)
    .and().addFilterBefore(jwtTokenFilter(), UsernamePasswordAuthenticationFilter.class);
        }
    }

    @Configuration
    @Order(2)
    public class WebSecurityConfig extends WebSecurityConfigurerAdapter {
        @Override
        protected void configure(HttpSecurity http) throws Exception {
            http.csrf().disable()
                .authorizeRequests()
                .antMatchers("/internal/**")
                .and()
                .httpBasic();
        }
    }

}