Начальная загрузка lme(), nlme, от lmeresampler

Кто-нибудь знает, как запустить линейную модель со смешанными эффектами, построенную с помощью функции lme (пакет nlme)?

Полгода назад я смог сделать это с помощью функции начальной загрузки из пакета lmeresampler, но в настоящее время она не работает с теми же данными и кодом. Что случилось с этими пакетами?

mod<-lme(PC1~SA+Y+CMIave+MATave,
        random=~1|PLOT_ID,data)

mixed.bootmod<-lmeresampler::bootstrap(mod,function(.)fixef(.),type="parametric",B=1000)

#This doesn't run, showing an error that 

> "some bootstrap runs failed", producing NAs

#However, lmer works

mod1<-lmer(PC1~SA+Y+CMIave+MATave+(1|PLOT_ID),data)

mixed.bootmod<-bootMer(mod,function(.)fixef(.),nsim=1000)
mixed.bootmod<-lmeresampler::bootstrap(mod,function(.)fixef(.),type="parametric",B=1000)

r lme4 statistics-bootstrap linearmodels nlme
person Mmm    schedule 11.04.2020    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
2
arrow_downward

Я полагаю, что пакет lmeresampler недавно был удален с отредактированными вызовами команд, потому что я наткнулся на два разных стиля для примеров в Интернете, и только один работал. Когда я запустил bootstrap() для своей смешанной модели, она работала, используя следующий стиль команды:

mod<-lme(biomass~Community*Nutrient+Salinity, random=~1|Block,data)
mod_boot<-lmeresampler::bootstrap(mod, fn=fixef, type="parametric",B=10000)
person thalassocratica    schedule 17.09.2020