Ошибка при установке shap в ноутбуке jupyter: shap установлен в системе ubuntu, но не в ноутбуке jupyter

У меня проблема с установкой shap в блокноте jupyter, отображается следующая ошибка: Запуск setup.py install for shap ... error. Пока shap без проблем устанавливается с терминала. Пожалуйста помоги. Я использую: - pip install shap, также я не могу использовать conda. Использование pip install conda также показывает ошибку того же типа: - Building wheel for pycosat (setup.py) ... error, Running setup.py install for pycosat ... error.

Ниже приводится ошибка, с которой я сталкиваюсь при использовании pip install shap: -

Collecting shap

Использование кешированного файла shap-0.35.0.tar.gz (273 КБ)

Требование уже выполнено: numpy в /home/kv/snap/jupyter/common/lib/python3.7/site-packages (из shap) (1.18.2)

Требование уже выполнено: scipy в /home/kv/snap/jupyter/common/lib/python3.7/site-packages (из shap) (1.4.1)

Требование уже выполнено: scikit-learn в home / kv / snap / jupyter / common / lib / python3.7 / site-packages (from shap) (0.22.2.post1)

Требование уже выполнено: панды в /home/kv/snap/jupyter/common/lib/python3.7/site-packages (из shap) (1.0.3)

Требование уже выполнено: tqdm> 4.25.0 в /home/kv/snap/jupyter/common/lib/python3.7/site-packages (из shap) (4.45.0)

Требование уже выполнено: joblib> = 0.11 в /home/kv/snap/jupyter/common/lib/python3.7/site-packages (из scikit-learn-> shap) (0.14.1)

Требование уже выполнено: python-dateutil> = 2.6.1 в /snap/jupyter/6/lib/python3.7/site-packages (из pandas-> shap) (2.8.0)

Требование уже выполнено: pytz> = 2017.2 в /home/kv/snap/jupyter/common/lib/python3.7/site-packages (из pandas-> shap) (2019.3)

Требование уже выполнено: шесть> = 1.5 в /snap/jupyter/6/lib/python3.7/site-packages (из python-dateutil> = 2.6.1-> pandas-> shap) (1.12.0)

Строительные колеса для собранных пакетов: shap

Строительное колесо для shap (setup.py) ... ошибка

ОШИБКА: Ошибка команды со статусом выхода 1:

команда: / snap / jupyter / 6 / bin / python -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv [0] = '"'" '/tmp/pip-install-vla3cytp/shap/setup.py' "'"'; file = '"'" '/ tmp / pip-install-vla3cytp / shap / setup.py' "'"'; f = getattr (tokenize, '"'" 'open' "'" ', открыть) (файл); code = f.read (). replace (' "'"' \ r \ n '"'" ',' "'"' \ n '"' "'); f.close (); exec (compile (code, file,'" '"' exec '"' "'))' bdist_wheel -d / tmp / pip-wheel-1shy2q7c

   cwd: /tmp/pip-install-vla3cytp/shap/

Полный вывод (71 строка):

работает bdist_wheel

запущенная сборка

запущен build_py

создание сборки

создание build / lib.linux-x86_64-3.7

создание build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap

копирование shap / datasets.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap

копирование shap / init .py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap

копирование shap / common.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap

создание build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих

копирование shap / объясняющих / partition.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих

копирование shap / объясняющих / tf_utils.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих

копирование shap / объясняющих / объясняющих.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих копирование shap / объясняющих / sampling.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих

копирование shap / объясняющих / mimic.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих

копирование shap / объясняющих / linear.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих

копирование shap / объясняющих / pytree.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих

копирование shap / объясняющих / permutation.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих

копирование shap / объясняющих / init .py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих

копирование shap / объясняющих / gradient.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих

копирование shap / объясняющих / аддитивных.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих

копирование shap / объясняющих / kernel.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих

копирование shap / объясняющих / tree.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих

копирование shap / объясняющих / bruteforce.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих

создание build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объяснители / другое

копирование shap / объясняющих / других / treegain.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих / других

копирование shap / объясняющих / других / coefficent.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих / других

копирование shap / объясняющих / других / lime.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих / других

копирование shap / объясняющих / других / maple.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих / других

копирование shap / объясняющих / других / init .py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих / других

копирование shap / объясняющих / других / random.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих / других

создание build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объяснители / deep

копирование shap / объясняющих / deep / deep_tf.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих / глубоких

копирование shap / объясняющих / deep / deep_pytorch.py ​​-> build / lib.linux-x86_64- 3.7 / shap / объясняющих / глубоких

копирование shap / объясняющих / deep / init .py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / объясняющих / deep

создание build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots

копирование shap / plots / colorconv.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots

копирование shap / plots / colors.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots

копирование shap / plots / waterfall.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots

копирование shap / plots / monitoring.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots

копирование shap / plots / partial_dependence.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots

копирование shap / plots / force_matplotlib.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots

копирование shap / plots / embedding.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots

копирование shap / plots / text.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots

копирование shap / plots / summary.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots

копирование shap / plots / image.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots

копирование shap / plots / solution.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots

копирование shap / plots / init .py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots

копирование shap / plots /dency.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots

копирование shap / plots / bar.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots

копирование shap / plots / force.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots

создание build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / benchmark

копирование shap / benchmark / models.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / benchmark

копирование shap / benchmark / methods.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / benchmark

копирование shap / benchmark / sizes.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / benchmark

копирование shap / benchmark / plots.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / benchmark

копирование shap / benchmark / metrics.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / benchmark

копирование shap / benchmark / init .py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / benchmark

копирование shap / benchmark / Experts.py -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / benchmark

создание build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots / resources

копирование shap / plots / resources / logoSmallGray.png -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots / resources

копирование shap / plots / resources / bundle.js -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap / plots / resources

копирование shap / tree_shap.h -> build / lib.linux-x86_64-3.7 / shap

запущен build_ext

numpy.get_include () /home/kv/snap/jupyter/common/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/include

создание расширения 'shap._cext'

создание build / temp.linux-x86_64-3.7

создание build / temp.linux-x86_64-3.7 / shap

gcc -pthread -B / home / filipe / miniconda3 / envs / JUPYTER / compiler_compat -Wl, - sysroot = / -Wsign-compare -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I / snap / jupyter / 6 / include / python3.7m -I / home / kv / snap / jupyter / common / lib / python3.7 / site-packages / numpy / core / include -c shap / _cext.cc -o build / temp. Linux-x86_64-3.7 / shap / _cext.o

невозможно выполнить 'gcc': нет такого файла или каталога

ошибка: команда 'gcc' завершилась неудачно со статусом выхода 1


ОШИБКА: Не удалось построить колесо для формы.

Запуск setup.py clean для shap

Не удалось построить шапку

Установка собранных пакетов: shap

Running setup.py install for shap ... error

ERROR: Command errored out with exit status 1:

 command: /snap/jupyter/6/bin/python -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv[0] = '"'"'/tmp/pip-install-vla3cytp/shap/setup.py'"'"'; __file__='"'"'/tmp/pip-install-vla3cytp/shap/setup.py'"'"';f=getattr(tokenize, '"'"'open'"'"', open)(__file__);code=f.read().replace('"'"'\r\n'"'"', '"'"'\n'"'"');f.close();exec(compile(code, __file__, '"'"'exec'"'"'))' install --record /tmp/pip-record-tt70qus_/install-record.txt --single-version-externally-managed --user --prefix= --compile --install-headers /home/kv/snap/jupyter/common/include/python3.7m/shap

     cwd: /tmp/pip-install-vla3cytp/shap/

Complete output (71 lines):

running install

running build

running build_py

creating build

creating build/lib.linux-x86_64-3.7

creating build/lib.linux-x86_64-3.7/shap

copying shap/datasets.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap

copying shap/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap

copying shap/common.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap

creating build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers

copying shap/explainers/partition.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers

copying shap/explainers/tf_utils.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers

copying shap/explainers/explainer.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers

copying shap/explainers/sampling.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers

copying shap/explainers/mimic.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers

copying shap/explainers/linear.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers

copying shap/explainers/pytree.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers

copying shap/explainers/permutation.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers

copying shap/explainers/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers

copying shap/explainers/gradient.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers

copying shap/explainers/additive.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers

copying shap/explainers/kernel.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers

copying shap/explainers/tree.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers

copying shap/explainers/bruteforce.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers

creating build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers/other

copying shap/explainers/other/treegain.py -> build/lib.linux-x86_64-

3.7 / shap / объясняющие / прочее

copying shap/explainers/other/coefficent.py -> build/lib.linux-x86_64-

3.7 / shap / объясняющие / прочее

copying shap/explainers/other/lime.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers/other

copying shap/explainers/other/maple.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers/other

copying shap/explainers/other/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-

3.7 / shap / объясняющие / прочее

copying shap/explainers/other/random.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers/other

creating build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers/deep

copying shap/explainers/deep/deep_tf.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers/deep

copying shap/explainers/deep/deep_pytorch.py -> build/lib.linux-x86_64-

3.7 / шейп / объяснители / глубокий

copying shap/explainers/deep/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/explainers/deep

creating build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots

copying shap/plots/colorconv.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots

copying shap/plots/colors.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots

copying shap/plots/waterfall.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots

copying shap/plots/monitoring.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots

copying shap/plots/partial_dependence.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots

copying shap/plots/force_matplotlib.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots

copying shap/plots/embedding.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots

copying shap/plots/text.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots

copying shap/plots/summary.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots

copying shap/plots/image.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots

copying shap/plots/decision.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots

copying shap/plots/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots

copying shap/plots/dependence.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots

copying shap/plots/bar.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots

copying shap/plots/force.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots

creating build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/benchmark

copying shap/benchmark/models.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/benchmark

copying shap/benchmark/methods.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/benchmark

copying shap/benchmark/measures.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/benchmark

copying shap/benchmark/plots.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/benchmark

copying shap/benchmark/metrics.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/benchmark

copying shap/benchmark/__init__.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/benchmark

copying shap/benchmark/experiments.py -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/benchmark

creating build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots/resources

copying shap/plots/resources/logoSmallGray.png -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots/resources

copying shap/plots/resources/bundle.js -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap/plots/resources

copying shap/tree_shap.h -> build/lib.linux-x86_64-3.7/shap

running build_ext

numpy.get_include() /home/kv/snap/jupyter/common/lib/python3.7/site-packages/numpy/core/include

building 'shap._cext' extension

creating build/temp.linux-x86_64-3.7

creating build/temp.linux-x86_64-3.7/shap

gcc -pthread -B /home/filipe/miniconda3/envs/JUPYTER/compiler_compat -Wl,--sysroot=/ -Wsign-

сравнить -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I / snap / jupyter / 6 / include / python3.7m -I / home / kv / snap / jupyter / common / lib / python3.7 / site-packages / numpy / core / include -c shap / _cext.cc -o build / temp.linux-x86_64-3.7 / shap / _cext.o

unable to execute 'gcc': No such file or directory

error: command 'gcc' failed with exit status 1

----------------------------------------

ОШИБКА: ошибка команды со статусом выхода 1: / snap / jupyter / 6 / bin / python -u -c 'import sys, setuptools, tokenize; sys.argv [0] = '"'" '/tmp/pip-install-vla3cytp/shap/setup.py' "'"'; file = '"'" '/ tmp / pip-install-vla3cytp / shap / setup.py' "'"'; f = getattr (tokenize, '"'" 'open' "'" ', открыть) (файл); code = f.read (). replace (' "'"' \ r \ n '"'" ',' "'"' \ n '"' "'); f.close (); exec (compile (code, file,'" '"' exec '"' "'))' install --record / tmp / pip-record- tt70qus_ / install-record.txt --single-version-external-managed --user --prefix = --compile --install-headers /home/kv/snap/jupyter/common/include/python3.7m/shap Проверить журналы для полного вывода команд.

Примечание: вам может потребоваться перезапустить ядро, чтобы использовать обновленные пакеты.


person Kaivalya Sinha    schedule 07.04.2020    source источник
comment
Попробуйте использовать conda для установки conda install -c conda-forge shap   -  person Sumit Badsara    schedule 07.04.2020
comment
Я не могу использовать conda в ноутбуке jupyter. Использование pip install conda также показывает ошибку того же типа: - Building wheel for pycosat (setup.py) ... error, Running setup.py install for pycosat ... error.   -  person Kaivalya Sinha    schedule 07.04.2020


Ответы (1)


невозможно выполнить 'gcc': нет такого файла или каталога

Вам необходимо установить компилятор и инструменты сборки:

sudo apt update
sudo apt install build-essential
gcc --version
person phd    schedule 07.04.2020
comment
Как мне это сделать на ноутбуке jupyter? - person Kaivalya Sinha; 07.04.2020
comment
Попробуйте выполнить эти команды с восклицательным знаком в ячейке Юпитера. Например. ! sudo apt update - person nimish; 20.02.2021