Ошибка при передаче аргумента веса функции coxph с использованием RiskRegression в R

Я пытаюсь использовать обратную вероятность взвешивания лечения в регрессии Кокса для конкретной причины, используя функцию CSC в пакете riskRegression.

Я вычислил веса без проблем, но когда я пытаюсь передать веса функции CSC, я получаю следующее сообщение об ошибке:

Error in eval(extras, data, env) : 
  ..1 used in an incorrect context, no ... to look in

Полный воспроизводимый пример выглядит так:

library(ipw)
library(cmprsk)
library(survival)
library(riskRegression)

data(mgus2)

# get some example data
mgus2$etime <- with(mgus2, ifelse(pstat==0, futime, ptime))
mgus2$event <- with(mgus2, ifelse(pstat==0, 2*death, 1))
mgus2$event <- factor(mgus2$event, 0:2, labels=c("censor", "pcm", "death"))
mgus2$age_cat <- cut(mgus2$age, breaks=seq(0, 100, 25))
mgus2$sex <- ifelse(mgus2$sex=="F", 0, 1)

# remove NA
mgus2 <- subset(mgus2, !is.na(mspike))

# estimate inverse probability weights
weights <- ipwpoint(sex, "binomial", "logit", denominator= ~ age_cat + mspike, 
                    data=mgus2)
mgus2$weights <- weights$ipw.weights

# rerun cox model using weights
mod2 <- CSC(Hist(etime, event) ~ sex + age_cat + mspike, cause="pcm",
            surv.type="hazard", fitter="coxph", data=mgus2,
            weights=weights)

Из документации я знаю, что функция CSC вызывает функцию coxph внутри, передавая ей дополнительные аргументы, используя синтаксис .... Другие аргументы могут быть переданы функции без проблем, но аргумент weight всегда выдает указанное выше сообщение об ошибке.

Как я могу это исправить?


person Denzo    schedule 27.03.2020    source источник


Ответы (1)


ОБНОВИТЬ:

Я связался с сопровождающим пакета, и он уже исправил ошибку. Теперь все должно работать нормально, с одним небольшим отличием: вместо weights=weights нужно использовать weights=mgus2$weights.

person Denzo    schedule 27.03.2020