РЕДАКТИРОВАТЬ: добавлен небольшой df.
У меня есть небольшой набор данных под названием benthic_data некоторых индексов бентических беспозвоночных (ниже приведен только один показатель).
Site <- c('S-7','S-7','S-7','S-7','S-7','S-27','S-27','S-27','S-27','S-27')
Sample <- c('S-7-1','S-7-2','S-7-3','S-7-4','S-7-5','S-27-1','S-27-2','S-27-3','S-27-4','S-27-5')
Abundance <- c(310, 316, 361,317, 321,108, 173, 189, 229, 210)
benthic_data <- data.frame(Site, Sample, Abundance)
Я сделал выборочные данные в качестве фактора и хотел бы сгенерировать цифру, которая имеет одну точку для каждой выборки, за которой следует среднее значение (с усами стандартного отклонения) для каждого сайта.
benthic_data$Sample = factor(benthic_data$Sample, levels=c('S-7-1', 'S-7-2','S-7-3','S-7-4','S-7-5','S-27-1','S-27-2','S-27-3','S-27-4', 'S-27-5'))
Базовый график сайтов и их соответствующее значение изобилия прекрасно работает (позже я улучшу рисунок):
ggplot(benthic_data, aes(x=Sample, y=Abundance, fill=Site))+
geom_point(data = benthic_data, size = 4.0, colour="black", shape=21, show.legend = F)+
scale_fill_manual(values = c("darkgreen", "orangered3"))
Чтобы вычислить среднее значение и стандартное отклонение для каждого сайта, я использовал следующий код, чтобы попытаться учесть каждый сайт, и я также хочу, чтобы среднее/стандартное отклонение для каждого сайта было помечено как среднее значение S-7 и среднее значение S-27 соответственно.
benthic_summary<- as.data.frame(benthic_data) %>%
group_by(Site) %>%
summarize(mean=mean(Abundance, na.rm=T),
sd=sd(Abundance, na.rm=T))
benthic_summary$Site = revalue(benthic_summary$Site, c("S-7" = "S-7 Mean","S-27"="S-27 Mean"))
benthic_summary$Site <- factor(benthic_summary$Site, levels= c("S-7 Mean","S-27 Mean"))
Теперь, чтобы объединить 5 баллов для каждого сайта ПЛЮС среднее/стандартное отклонение для каждого сайта, я использовал geom_pointrange со следующим кодом, но я добавил еще два цвета в scale_fill_manual, потому что получил это сообщение об ошибке: Ошибка: недостаточно значений в ручной шкале. Нужно 4, а предоставили только 2.
Таким образом, этот код работает нормально, ЗА ИСКЛЮЧЕНИЕМ, мне нужно сначала иметь образцы S-7 (это восходящий сайт), а затем образцы S-27, а легенда не отражает правильный цвет сайта.
Зона S-7 должна быть зеленой, а площадка S-27 — оранжево-красной.
AEMP_cols=c("darkgreen", "orangered3")
ggplot(benthic_data, aes(x=Sample, y=Abundance, fill=Site))+
geom_point(data = benthic_data, size = 4.0, colour="black", shape=21, show.legend = F)+
scale_fill_manual(values = c("darkgreen","darkgreen", "orangered3", "orangered3"))+
geom_pointrange(data = benthic_summary, aes(x = Site, y=mean, ymin=mean-sd, ymax=mean+sd), colour = AEMP_cols, size =1, shape = 15)
Итак, я хотел бы помочь выяснить, как обеспечить порядок выборок (точек) по оси x: S-7-1, S-7-2 .... S-7-5, S7 Среднее затем С-27-1, С-27-2.... С-27-5, С-27 Ср. Аналогично коду, созданному выше, но с образцами сайтов S-7, за которыми следуют образцы S-27.
Я могу легко воссоздать код для других индексов, поэтому пока только начинаю с Изобилия.
Любая помощь будет оценена по достоинству. Спасибо.
