@XmlElements отмечены @XmlJavaTypeAdapters?

Похоже, вы хотите, чтобы private java.lang.String innerText; было @XmlValue вашего класса Simple. Попробуйте аннотировать строку в Simple с помощью тега @XmlValue:

@XmlRootElement("simple")
public class Simple {
  @XmlValue
  private java.lang.String innerText;
  //getters/setters
}

Или, если вы использовали аннотации в своем методе получения (что я предполагаю на основе вашего вывода XML в вопросе, измените свой тег @XmlElement на тег @XmlValue:

@XmlValue
public java.lang.String getInnerText() {
  return innerText;
}

Когда я это делаю, я получаю результат, который вы ищете в своем отредактированном вопросе.

ответ, данный bamana, является правильным, однако исключение, которое вы видите, связано к ошибке в эталонной реализации JAXB. Эта ошибка также существовала в EclipseLink JAXB (MOXy), но была исправлена ​​в версии 2.3. 0, ночную загрузку можно получить здесь:

• http://www.eclipse.org/eclipselink/downloads/nightly.php

В качестве обходного пути вы можете использовать подход XmlAdapter, который был в вашем исходном вопросе:

Простой адаптер

import javax.xml.bind.annotation.adapters.XmlAdapter;

public class SimpleAdapter extends XmlAdapter<String, Simple> {

    @Override
    public Simple unmarshal(String v) throws Exception {
        Simple simple = new Simple();
        simple.setSimple(v);
        return simple;
    }

    @Override
    public String marshal(Simple v) throws Exception {
        return v.getSimple();
    }

}

Простой

import javax.xml.bind.annotation.adapters.XmlJavaTypeAdapter;

@XmlJavaTypeAdapter(SimpleAdapter.class)
public class Simple extends Value {
    private java.lang.String simple;

    public java.lang.String getSimple() {
        return simple;
    }

    public void setSimple(java.lang.String simple) {
        this.simple = simple;
    }

}

Составной

import java.util.List;

import javax.xml.bind.annotation.*;

@XmlRootElement(name = "compound")
@XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
public class Compound extends Value {
    @XmlElements({ @XmlElement(name = "simple", type = Simple.class),
            @XmlElement(name = "compound", type = Compound.class) })
    protected List<Value> value;

    public List<Value> getValue() {
        return value;
    }

    public void setValue(List<Value> value) {
        this.value = value;
    }

}

Значение

import java.io.Serializable;

public abstract class Value implements Serializable {}

Демо

import java.io.File;

import javax.xml.bind.JAXBContext;
import javax.xml.bind.Marshaller;
import javax.xml.bind.Unmarshaller;

public class Demo {

    public static void main(String[] args) throws Exception {
        JAXBContext jc = JAXBContext.newInstance(Compound.class);

        Unmarshaller unmarshaller = jc.createUnmarshaller();
        Compound compound = (Compound) unmarshaller.unmarshal(new File("input.xml"));
        Marshaller marshaller = jc.createMarshaller();
        marshaller.setProperty(Marshaller.JAXB_FORMATTED_OUTPUT, true);
        marshaller.marshal(compound, System.out);
    }

}

входной файл.xml

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" standalone="yes"?>
<compound>
    <simple>
        <simple>FOO</simple>
    </simple>
    <compound/>
</compound>