Мне нужно построить диаграммы Венна, пропорциональные площади, по крайней мере, с 5 переменными.
Я попытался установить пакет Vennerable, но он больше не доступен. Ссылка на сборку Windows не работает (страница не найдено).
Есть ли альтернативный пакет?
Исходные файлы, последний раз обновленные в 2007 году, можно загрузить с Sourceforge в виде файла tar.gz:
Еще лучше, то, что кажется более обновленным (Редактировать: и поврежденным) исходным файлом, последний раз обновленным в 2009 году, можно извлечь из R-Forge с помощью SVN:
svn checkout svn://svn.r-forge.r-project.org/svnroot/vennerable
Можете ли вы создать его самостоятельно с помощью Rtools? Журнал сборки Linux x86_64 указывает на проблему с виньеткой, из-за которой сборка завершается сбоем, а исходный tar.gz и двоичные файлы недоступны. Возможно, построить его самостоятельно без виньетки получится. Последний раз пакет обновлялся 19 месяцев назад, поэтому в настоящее время он не поддерживается.
Изменить
Кажется, самые последние версии R-Forge ломают упаковку. Возникла проблема с функцией compute.Venn(), и ряд тестов не прошел. Я собрал для вас версию Venerable_1.1.1.1 на Sourceforge для архитектуры x86_64. Вы можете скачать его по адресу:
http://commondatastorage.googleapis.com/jthetzel-public/Vennerable_1.1.1.1.zip
На самом деле я не тестировал пакет, но он успешно устанавливается и загружается в R 2.13.0 x86_64 в Windows 7. Если у вас есть дополнительные вопросы, вы можете написать автору пакета, Джонатану Суинтону, адрес электронной почты которого вы найдете в DESCRIPTION файл в zip-архиве.
Обратите внимание на редкое правильное использование всех заглавных букв для ссылки на файл DESCRIPTION, который был назван так по предположительно историческим причинам (хотя мне было бы интересно, если бы у кого-нибудь было окончательное объяснение). Большинство других вариантов использования всех заглавных букв, как правило, не одобряются, если только вы специально не собираетесь повышать систолическое давление в сообществе SO.
Следить за этим:
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("graph")
biocLite("RBGL")
biocLite("RColorBrewer")
biocLite("gtools")
biocLite("reshape"
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")
Взглянув на CRAN (место для пакетов R), я обнаружил как минимум два многообещающих пакета: VennDiagram и продавец.
Почтенный 3.0 доступен. Его можно загрузить, например, из R с помощью
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org")
RBGL и graph.
- person Dieter Menne; 29.07.2013
Тщательная проверка приводит к созданию этого биоинформатического движка с более высокой производительностью, чем доступные пакеты R для диаграмм Венна. там до сих пор. Он написан на Perl бельгийским автором Ливеном Стерком ([email protected]) из Гентского университета.
веб-инструмент создает в качестве выходных данных не только запрошенную диаграмму (при условии, что входные данные состоят из 5 или менее наборов, что уже превосходит возможности большинства пакетов R, доступных для диаграмм Венна), но также создает текстовый файл со списком содержащихся элементов. в каждой группе перекрестков для детального осмотра. Списки, хотя и не являются геометрическими диаграммами как таковыми, могут быть созданы даже для сравнений, превышающих 5 наборов. Кроме того, этот веб-инструмент также выводит общее количество элементов в наборе данных в виде таблицы для подтверждения уникальных записей.
Единственная отсутствующая функция: взвешенная опция, эквивалентная «Chow-Ruskey» в пакете Vennerable R, которая, однако, кажется, страдает некоторыми проблемами (кроме ненадежной установки, как упоминалось выше), добавляя дополнительный элемент в последний список групп, представленный в кадр данных для перекрытия. Vennerable (и другие пакеты того же рода) только генерирует фигуру с метками групп и нумерует элементы, содержащиеся на пересечении, не перечисляя их. Диаграммы Венна и данные пересечения в целом, хотя и простые в принципе, очень полезны для иллюстрации охвата биологических данных «мультиомики» просто в качестве примера.
