Я пытаюсь скомпилировать пакет python https://github.com/jrs65/scalapy, который обертывает mkl scalapack и blacs библиотеки. Однако компиляция проходит успешно, когда я пытаюсь выполнить тестовые программы, я получаю:
Неустранимая ошибка Intel MKL: невозможно загрузить символ MKLMPI_Get_wrappers
Я пробовал использовать mkl_link_tool, чтобы получить связующие строки. Вот что происходит под капотом distutils:
gcc -pthread -shared -L/scratch/apc/lukrazi/intel/intelpython3/lib -Wl,-rpath=/scratch/apc/lukrazi/intel/intelpython3/lib,--no-as-needed -z noexecstack -z relro -z now -fstack-protector build/temp.linux-x86_64-3.6/build/src.linux-x86_64-3.6/scalapy/lowlevel/redistmodule.o build/temp.linux-x86_64-3.6/build/src.linux-x86_64-3.6/build/src.linux-x86_64-3.6/scalapy/lowlevel/fortranobject.o -L/scratch/apc/lukrazi/intel/intelpython3/lib -lpython3.6m -o build/lib.linux-x86_64-3.6/scalapy/lowlevel/redist.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so -I/scratch/apc/lukrazi/intel/compilers_and_libraries_2018.1.148/linux/mpi/intel64/include -L/scratch/apc/lukrazi/intel/compilers_and_libraries_2018.1.148/linux/mpi/intel64/lib/release_mt -L/scratch/apc/lukrazi/intel/compilers_and_libraries_2018.1.148/linux/mpi/intel64/lib -Xlinker --enable-new-dtags -Xlinker -rpath -Xlinker /scratch/apc/lukrazi/intel/compilers_and_libraries_2018.1.148/linux/mpi/intel64/lib/release_mt -Xlinker -rpath -Xlinker /scratch/apc/lukrazi/intel/compilers_and_libraries_2018.1.148/linux/mpi/intel64/lib -Xlinker -rpath -Xlinker /opt/intel/mpi-rt/2107.0.0/intel64/lib/release_mt -Xlinker -rpath -Xlinker /opt/intel/mpi-rt/2017.0.0/intel64/lib -lmpifort -lmpi -lmpigi -ldl -lrt -lpthread -L/scratch/apc/lukrazi/intel/compilers_and_libraries_2018.1.148/linux/mkl/lib/intel64 -Wl,--no-as-needed -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 -lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread -lm -ldl -fopenmp
Я также пробовал статическое связывание с -Wl,-Bstatic -Wl,--start-group и -Wl,--end-group -Wl,-Bdynamic:
gcc -pthread -shared -L/scratch/apc/lukrazi/intel/intelpython3/lib -Wl,-rpath=/scratch/apc/lukrazi/intel/intelpython3/lib,--no-as-needed -z noexecstack -z relro -z now -fstack-protector build/temp.linux-x86_64-3.6/build/src.linux-x86_64-3.6/scalapy/lowlevel/redistmodule.o build/temp.linux-x86_64-3.6/build/src.linux-x86_64-3.6/build/src.linux-x86_64-3.6/scalapy/lowlevel/fortranobject.o -L/scratch/apc/lukrazi/intel/intelpython3/lib -lpython3.6m -o build/lib.linux-x86_64-3.6/scalapy/lowlevel/redist.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so -I/scratch/apc/lukrazi/intel/compilers_and_libraries_2018.1.148/linux/mpi/intel64/include -L/scratch/apc/lukrazi/intel/compilers_and_libraries_2018.1.148/linux/mpi/intel64/lib/release_mt -L/scratch/apc/lukrazi/intel/compilers_and_libraries_2018.1.148/linux/mpi/intel64/lib -Xlinker --enable-new-dtags -Xlinker -rpath -Xlinker /scratch/apc/lukrazi/intel/compilers_and_libraries_2018.1.148/linux/mpi/intel64/lib/release_mt -Xlinker -rpath -Xlinker /scratch/apc/lukrazi/intel/compilers_and_libraries_2018.1.148/linux/mpi/intel64/lib -Xlinker -rpath -Xlinker /opt/intel/mpi-rt/2107.0.0/intel64/lib/release_mt -Xlinker -rpath -Xlinker /opt/intel/mpi-rt/2017.0.0/intel64/lib -lmpifort -lmpi -lmpigi -ldl -lrt -lpthread -Wl,-Bstatic -Wl,--start-group /scratch/apc/lukrazi/intel/compilers_and_libraries_2018.1.148/linux/mkl/lib/intel64/libmkl_scalapack_lp64.a /scratch/apc/lukrazi/intel/compilers_and_libraries_2018.1.148/linux/mkl/lib/intel64/libmkl_blacs_intelmpi_lp64.a /scratch/apc/lukrazi/intel/compilers_and_libraries_2018.1.148/linux/mkl/lib/intel64/libmkl_intel_lp64.a /scratch/apc/lukrazi/intel/compilers_and_libraries_2018.1.148/linux/mkl/lib/intel64/libmkl_intel_thread.a /scratch/apc/lukrazi/intel/compilers_and_libraries_2018.1.148/linux/mkl/lib/intel64/libmkl_core.a -Wl,--end-group -Wl,-Bdynamic -liomp5 -lpthread -lm -ldl -fopenmp
Безуспешно. В чем может быть проблема?
LD_PRELOAD. - person jacob schedule 10.11.2019nmобщего объекта и проверьте, установлен ли символMKLMPI_Get_wrappers.nm -o build/lib.linux-x86_64-3.6/scalapy/lowlevel/redist.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so | grep MKLMPI_Get_wrappers. Он подскажет, является ли это сборка или проблема во время выполнения. - person dash-o schedule 15.11.2019