Можно ли установить агента с собственным хостингом для нескольких организаций?

Да и нет, вы можете установить несколько параллельных агентов на одном сервере и настроить их для подключения к разным организациям. Но один агент может подключиться только к одной организации.

Просто распакуйте zip-файл агента в две разные папки и настройте каждую с URL-адресами организации, методом аутентификации и другими настройками. Таким образом, вы получите две службы агента, работающие бок о бок, обслуживающие две организации.