Нелинейная смешанная модель без задания структуры случайных эффектов

Я хотел бы подогнать нелинейную модель только со спецификацией фиксированной структуры с использованием пакета nlme R.

model <- nlme(y ~ Asym/(1+exp((xmid-x)/scal)),
                      data = data,
                      fixed = list(Asym + xmid + scal ~ treatment))
                      #random =  Asym ~ 1|subject)

Однако я получаю следующую ошибку:

Error in parse(text = paste("~", paste(nVal, collapse = "/"))) : 
  <text>:2:0: unexpected end of input
1: ~ 
   ^

Есть ли способ обойти эту проблему? Любой совет более чем приветствуется.


r mixed-models nlme non-linear-regression
person Community    schedule 22.07.2019    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
0
arrow_downward

Я считаю, что вам нужна функция gnls() (также из пакета nlme) с аргументом params=, а не fixed=. Попробуй это:

model <- gnls(y ~ Asym/(1+exp((xmid-x)/scal)),
                  data = data,
                  params = list(Asym + xmid + scal ~ treatment),
                  start= ...)

FWIW, если вы действительно подбираете логистику (и это не просто упрощенный пример того, что вы хотите сделать), подгонка может быть быстрее / надежнее с SSlogis() функцией самозапуска вместо вашей явной формулы .. .

person Ben Bolker    schedule 22.07.2019