Как я могу найти все озера в регионе (ограниченном полигоном) в Earth Engine?

Я отвечаю на этот вопрос в отношении кода, размещенного в комментариях, надеюсь, вопрос будет обновлен с помощью кода, размещенного в комментариях.

Фильтрация: ок.

Просто комментарий, я бы не назвал переменную коллекции изображений именем img, это меня просто сбивает с толку, но имена переменных на ваше усмотрение.

var mf = ee.Filter.calendarRange(10, 12, 'month');

var img1 = ee.ImageCollection(l5
            .filterDate('1984-01-01','1999-12-31')
            .filterBounds(roi)
            .filter(mf));

var img2 = ee.ImageCollection(l7
            .filterDate('2000-01-01','2018-12-31')
            .filterBounds(roi)
            .filter(mf));

добавить NDWI: это ваш код:

var addNDWI = function(image){
  var ndwi = image.normalizedDifference(['B2', 'B4']).rename('NDWI');
  var ndwiMask = ndwi.gte(0.3);
  return image.addBands(ndwi);
};
var image1 = img1.map(addNDWI);
var image2 = img2.map(addNDWI);

вы не сохраняете ndwiMask, поэтому вы не сможете использовать его вне этой функции. Опять же, я бы не назвал их image, так как это не изображения, а коллекции изображений.

маска возвышения: необходимо выбрать полосу elevation:

var elevMask = elevation.select('elevation').gt(1500)

Это изображение маски будет иметь те, где высота больше 1500, и нули, где нет.

применение масок: в этой части вы должны помнить, что Earth Engine использует функциональное программирование, поэтому объекты не изменяемы, это означает, что вы не можете обновить состояние объекта с помощью метода, вы должны поймать вывод метода, который вы вызываете. Здесь вам нужна маска ndwi, поэтому вам нужно вычислить ее с полосой NDWI.

var mask = function(image){
  var ndwiMask = image.select('NDWI').gt(0.3)
  var ndwi_masked = image.updateMask(ndwiMask);
  return ndwi_masked.updateMask(elevMask);
};

var maskedImg = image1.map(mask);  // ImageCollection!
var maskedImg2 = image2.map(mask);  // ImageCollection!

Визуализация: так как результаты ImageCollection, когда вы добавляете его на карту, EE создает мозаику, и это то, что вы увидите. Имейте это в виду для дальнейшей обработки.

var ndwiViz = {bands: ['NDWI'], min: 0.5, max: 1, palette: ['00FFFF', '0000FF']};
Map.addLayer(maskedImg, ndwiViz, 'Landsat 5 masked collection');