В `gplots` в `R`, как мы можем настроить положение отметок x-метки в функции `heatmap.2`?

Я пытаюсь воспроизвести график, найденный здесь на стр. 4:

введите здесь описание изображения

Воспроизводимый код для него:

require(devtools)
install_git("https://github.com/marchion/git.switchBox", subdir="switchBox")
require(switchBox)
require(gplots)
data(trainingData)    
classifier <- SWAP.KTSP.Train(matTraining, trainingGroup)
kappa <- SWAP.KTSP.Statistics(matTraining, classifier)
mat <- t(1*kappa$comparisons)
rownames(mat) <- gsub(">", "\n more express than\n", rownames(mat))

heatmap.2(mat,
scale="none", Rowv=F, Colv=F, dendrogram="none",
trace="none", key=FALSE,
col=c("lightsteelblue2", "pink3"),
labCol=toupper(paste(trainingGroup, "Prognosis")),
sepwidth=c(0.075,0.075), sepcolor="black",
rowsep=1:ncol(kappa$comparisons),
colsep=1:nrow(kappa$comparisons),
lmat=rbind( c(0, 3), c(2, 1), c(0, 4) ), lhei=c(0.1, 5, 0.5), lwid=c(0.15, 5),
mar=c(7.5, 12), cexRow=0.85, cexCol=0.9)

Если вы заметили на графике выше, метки x немного смещены влево от центра. Есть ли внутри функции heatmap.2 команда, которая может сдвигать каждую метку вправо?


r gplots
person user321627    schedule 14.04.2019    source источник

Ответы (1)


arrow_upward
1
arrow_downward

Вы должны указать аргумент adjCol (c(1, 0.5)), который даст вам желаемый результат (c(1, 0) переместит его влево, а c(1, 1) переместит его вправо).

Код (с использованием пакетов и данных, предоставленных OP):

heatmap.2(
  mat,
  adjCol = c(1, 0.5), 
  scale = "none", Rowv = FALSE, Colv = FALSE, dendrogram = "none",
  trace = "none", key = FALSE,
  col = c("lightsteelblue2", "pink3"),
  labCol = toupper(paste(trainingGroup, "Prognosis")),
  sepwidth = c(0.075,0.075), sepcolor = "black",
  rowsep = 1:ncol(kappa$comparisons),
  colsep = 1:nrow(kappa$comparisons),
  lmat = rbind( c(0, 3), c(2, 1), c(0, 4) ),
  lhei = c(0.1, 5, 0.5), lwid = c(0.15, 5),
  mar = c(7.5, 12), cexRow = 0.85, cexCol = 0.9,
)

Результат:

введите здесь описание изображения

person pogibas    schedule 14.04.2019