странное поведение с 3D-гистограммой в matplotlib в Python

Вы неправильно используете аргумент ключевого слова zs. Это относится к плоскостям, на которых размещен каждый набор стержней (определяется по оси zdir). Они кривые, потому что предполагается, что набор баров, определенный вызовом ax.bar, находится в одной плоскости. Вам, вероятно, лучше вызвать ax.bar несколько раз (по одному для каждой плоскости). Внимательно следуйте этому примеру. Вы хотите, чтобы zdir было либо 'x', либо 'y'.

Изменить

Вот полный код (в значительной степени основанный на приведенном выше примере).

from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')

# this is just some setup to get the data
r = numpy.arange(5)
x1,y1 = numpy.meshgrid(r,r)
z1 = numpy.random.random(x1.shape)

# this is what your data probably looks like (1D arrays):
x,y,z = (a.flatten() for a in (x1,y1,z1))
# preferrably you would have it in the 2D array format
# but if the 1D is what you must work with:
# x is: array([0, 1, 2, 3, 4, 0, 1, 2, 3, 4,
#              0, 1, 2, 3, 4, 0, 1, 2, 3, 4,
#              0, 1, 2, 3, 4])
# y is: array([0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 1,
#              2, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 3, 3,
#              4, 4, 4, 4, 4])

for i in range(0,25,5):
    # iterate over layers
    # (groups of same y)
    xs = x[i:i+5] # slice each layer
    ys = y[i:i+5]
    zs = z[i:i+5]
    layer = ys[0] # since in this case they are all equal.
    cs = numpy.random.random(3) # let's pick a random color for each layer
    ax.bar(xs, zs, zs=layer, zdir='y', color=cs, alpha=0.8)

plt.show()