Пакетный скрипт для поиска, замены и вывода нового файла и суммирования каждый раз

Я сомневаюсь, что создание 300 почти идентичных пакетных файлов - хорошая идея. Используйте только один и перебирайте числа:

@echo off
setlocal 

for /l %%i in (1,1,300) do call :processFile %%i
goto :eof

:processFile
set "number=000%1"
set "number=%number:~-3%"
echo %number%: original-%number%.mkv audio-%number%.mkv sub-%number%.mkv
REM insert your mux command here

Ну вот.

Перейдите к «** и сделайте с ним что-нибудь ** ПРЯМО ЗДЕСЬ **».

Здесь вы будете искать и заменять новый файл.

    @echo off

    :: This is the meat of the whole script..
    :: increment a number from 1 to 300
    for /L %%n in (1,1,300) do call :check_copy_file %%n
    goto :eof

    :: lines here will never execute because goto :eof is like "return" to cmd.exe

    :: ------------------------------------------------------
    :: function -- check_copy_file
    :: purpose  -- takes an input number, increments it, pads it with zeros 
    ::          -- copies original to new number name
    ::          -- ** and does stuff to it ** this is where you search and replace..
    :: ------------------------------------------------------
    :check_copy_file
    Set existing_file_num=%1
    Set /a new_file_num=%existing_file_num% +1

    call :pad_with_zeros existing_file_num %existing_file_num%
    call :pad_with_zeros new_file_num %new_file_num%

    :: ** if there isn't a batch file to copy, return
    if not exist %existing_file_num%.bat echo %existing_file_num%.bat doesn't exist!&& goto :eof

    :: copy (for instance 001.bat to 002.bat)
    copy %existing_file_num%.bat %new_file_num%.bat

    :: ** and does stuff to it ** RIGHT HERE ** 
    :: muck with the contents of %new_file_num%.bat
    echo mucky mucking with file %new_file_num%.bat

    goto :eof

    :: ---------------------------------------
    :: function -- pad_with_zeros
    :: purpose  -- adds up to two 0s as needed
    :: ---------------------------------------
    :pad_with_zeros
    Set input_var=%1
    Set input_val=%2
    if "%input_val:~2,1%"=="" Set input_val=0%input_val%
    if "%input_val:~2,1%"=="" Set input_val=0%input_val%
    Set %input_var%=%input_val%

    goto :eof